DNAMAN - 分子生物学应用软件

Lynnon Biosoft 为激动人心的基因组科学的教育、研究和开发开发和销售生物信息学软件平台。我们的产品 DNAMAN 软件包为序列分析和数据挖掘提供了一个有效的工具包。

 

什么是DNAMAN

DNAMAN适用于分析生物学应用的一体化软件包。该软件包为序列分析提供了一个就有多种功能的集成系统。您不再需要一个程序进行限制性分析，而其他程序进行多序列对比、设计PCR引物、蛋白质序列分析或绘制质粒.....DNAMAN为您执行这些任务。

 

DNAMAN的速度、多功能性、准确性和高质量的演示使其成为每个分子生物学家可以依赖的基本工具之一。DNAMAN是众多评审科学期刊中高度引用的序列分析软件。他也是一个序列分析软件包，每所大学、研究机构、实验室和研究科学家都可以负担的起。

 

DANMAN可用于Microsoft Windows、OSX和Linux。三个平台上的DANMAN文件共享相同的格式。

DANMAN的通用格式系统方便了Windows、Mac OSX和Linux之间的通信，使您的平台独立。

 

 

DNAMAN 序列分析功能简介

• 序列分析集成系统

• Windows、OSX 和 Linux 上的 DNAMAN 桌面

 

适用于 Windows 的 DNAMAN

 

 

用于 OSX 的 DNAMAN

 

 

用于 Linux 的 DNAMAN

 

• 序列操作

1. 序列处理和转换

2. 序列输入

DNAMAN 序列是用关键字格式化的纯文本文件。该程序接受其他常见的序列格式，例如 GenBank、GCG、CUSTAL、FASTA、PIR 和 GDE。DNAMAN 利用序列通道将活动序列保存在内存中以进行快速计算。数据库也可用于帮助组织特定研究项目的序列。三个序列输入界面均可在 DNAMAN Desktop 上访问。

 

 

序列组成和转换

DNAMAN 使用简单的下拉菜单命令报告序列组成和分子量。它可以将序列转换为其反向、互补、反向互补、双链和 RNA 序列。

 

 

• 序列搜索

列搜索

DNAMAN 提供用于序列搜索和比较的工具，包括核苷酸或氨基酸序列、共有序列、开放阅读框、重复序列。小干扰 RNA (siRNA) 选择工具可用于提高 siRNA 设计的质量。用户可以在 DNAMAN 程序中对 NCBI 数据库或其他基于网络的序列服务器执行 BLAST 搜索。

 

 

• 限制分析

DNAMAN 为 DNA 序列的限制性分析提供直观的界面。结果可以显示为文本、限制图和限制模式（琼脂糖凝胶）。其他工具包括电子克隆、从片段重建限制性图谱、静默突变和定向错配。

 

 

• 序列组装

DNAMAN 使用快速准确的比对算法来组装大量序列。跟踪文件可以直接用于汇编。SNP可以通过组装的序列集进行验证。

 

 

• 同源比较

点阵图

可以使用点图在 DNAMAN 中分析大序列的同源区域。感兴趣的序列区域可以放大并直接对齐。

 

两个序列比对

 

DNAMAN 提供了快速或优化的算法来比对两个 DNA 或蛋白质序列。

 

• 多序列比对

DNAMAN 使用 ClustalW 算法（Feng-Doolittle 和 Thompson）进行对齐，使用全局对齐算法（Wilbur 和 Lipman）进行快速对齐。DNAMAN 中的三种比对提供了高质量的比对结果。使用快速比对方法，您可以快速比对大量 DNA 或蛋白质序列。可以在多比对序列编辑器中进一步修改或调整比对。

 

• 系统发育分析

DNAMAN 使用通用算法计算同源矩阵并建立全部序列对之间的相关距离。它可以生成距离矩阵，并从多个比对中绘制系统发育树或同源树。自举分析可用于系统发育树的置信度值。

 

• 引物/寡核苷酸分析

PCR引物设计

DNAMAN 为 PCR 引物选择提供了控制标准。您可以通过设置目标 DNA 的区域、PCR 产物的大小、引物特性、反应条件和引物配置来优化引物过滤。

 

其他功能

可以分析寡核苷酸引物的解链温度、互补性、错误引物、沉默突变和定向错配。

 

• 蛋白质分析

蛋白质序列分析

DNAMAN 提供了用于蛋白质序列分析的工具，包括：从两个 DNA 链中翻译六个阅读框、遗传密码表的变异、阅读框概述、密码子使用分析、氨基酸组成、亲水谱、电荷和 pI 分析、二级结构预测和反向翻译。

 

 

• 数据库管理

DNAMAN 数据库管理

DNAMAN 使用标准关系数据库引擎 Sqlite3 来管理 DNA/蛋白质序列和寡核苷酸序列。

 

 

• LBDraw（限 Windows）

LBDdraw的特点

 

 

• 在 Internet 上（限 Windows）

适用于 Windows 的内置 DNAMAN Internet/Intranet 浏览器

DNAMAN 提供了一个集成的 Web 浏览器来访问 Internet 或您的 Intranet。

 

 

 

【英文介绍】

 

Lynnon Biosoft develops and markets bioinformatic software platform for education, research and development of the exciting world of genome sciences. Our product, DNAMAN software package, provides an effective toolkit for sequence analysis and data mining.

 

What is DNAMAN 

DNAMAN is a one-for-all software package for molecular biology applications. This package provides an integrated system with versatile functions for high efficiency sequence analysis. You no longer need one program for restriction analyses and others for multiple sequence alignment, designing PCR primers, protein sequence analysis or drawing plasmids ... DNAMAN carries out all these tasks for you.

 

DNAMAN's speed, versatility, accuracy and high quality presentation make it one of the fundamental tools every molecular biologist can depend on. DNAMAN is highly cited sequence analysis software in numerous peer-reviewed scientific journals. It is also a sequence analysis software package with affordable prices for every university, research institution, laboratory, and research scientist.

 

DNAMAN is available for Microsoft Windows, OSX and Linux. DNAMAN files on all three platforms share the same formats. The common format system of DNAMAN facilitates the communication between Windows, Mac OSX and Linux, and makes your work platform-independent.