Sequencher - DNA序列分析软件

Sanger 数据处理与序列拼接

在序列与测序峰图之间检查数据

可对测序读段进行编辑与剪切，使用拼接和比对工具构建重叠群（Contig），并结合峰图查看候选差异或低质量区域。支持正向与反向数据的联合检查。

结果可结合注释、差异表和报告查看，便于将候选位点与对应的序列及峰图联系起来。

SNP、杂合位点与序列差异比较

可比较一组 DNA 序列，或将一条及多条序列与参考序列进行比对。Call Secondary Peaks 功能用于识别潜在杂合位点，用户可调整相关判定条件，并在拼接概览中查看候选位置。

Variance Table（差异表）可比较序列或多个重叠群的一致序列。表格中的单元格与原始数据关联，便于直接查看、核对或编辑候选差异，并同步更新对应的序列与峰图。

可结合一致序列与参考序列的翻译结果检查差异，并使用导出和报告选项整理分析结果。参考序列编号可用于保持不同拼接项目中的 SNP 位置标识一致。

NGS 比对、组装与变异检测

Sequencher 通过图形化接口调用配套 NGS 工具，组织参考引导比对、从头组装、质量检查和变异分析。各工具的用途不同，可按实验数据和分析任务选择。

RNA-Seq 转录分析与差异表达

Sequencher 提供 Cufflinks 套件相关的图形化工作流程，用于转录本分析及差异基因表达研究。配套工具包括 Cuffdiff、Cuffquant 和 Cuffnorm，可结合分析条件配置相应任务。

External Data Browser（外部数据浏览器）可用于管理 DNA-Seq 和 RNA-Seq 分析记录，查看数据与参数注释，组织已有运行结果。

序列检索与外部数据比较

Sequencher Connections 支持在不同数据库和参数设置下开展检索，可组织并行分析任务，并查看与比较相应结果。

适用分析任务

• Sanger 读段剪切、Contig 拼接、峰图编辑和参考序列比较。
• SNP、潜在杂合位点及其他序列差异的研究与结果整理。
• 具有结构化样本命名的多项目批量测序分析。
• NGS 数据质量检查、参考比对、从头组装及变异文件生成。
• RNA-Seq 条件与重复样本组织、差异表达结果查看和图表输出。

运行环境与采购咨询

可结合测序数据类型、项目规模和所需配套工具确认软件与运行环境。Mac 环境需特别核对可用安装包及 64 位系统兼容条件，不能默认支持当前所有 macOS 系统。