Sequencher - DNA序列分析软件

Sequencher是DNA 序列分析的工业标准软件。它可以和全部自动序列分析仪一同工作，并且因为它的Contig 组装、很短的学习曲线、用户友好的编辑工具，以及突出的技术而众所周知。从差不多15年前初次版本到现在，Sequencher在基因和制药公司中应用于序列分析任务，Sequencher被生命科学研究者们使用于很多不同的 DNA 序列分析应用方面，包括基因重组、突变检测、法医的人体辨别，以及分类学等等...

Sequencher 内含多种拼接算法，还有功能的序列编辑工具、具有ORF分析，酶切位点作图、杂合子识别等分析功能。可以应用于杂合子和SNP的检测和分析，cDNA到染色体DNA的大型间隙对准，比较排序，对置信评分的、ORD转换、GeneBank化导入、以及限制酶映射等等，序列比对可直接用MEGA操作，编辑更方便，比对时间稍短。Sequencher新版本为5.4.6。
 

DNA序列分析的新功能和增强功能：

Sanger：

• 从Primer-BLAST发送引物对序列，在Sequencher Connections中运行到Sequencher项目

• 使用项目窗口中的共有序列作为混合测序项目的NGS的参考序列

• New Batch Revert Trim Ends命令

• 能够在项目窗口中调整字体大小

NGS：

• 更快的GSNAP 和 BWA-MEM工作流程

• 构建可重复用于与全基因组的GSNAP数据库和BWA索引

• 使用FastQC报告查看和保存NGS原始数据文件的质量得分和元数据

• 生成变体调用文件（VCF）以使用SAMtools标记NGS对齐中的变体

RNA-Seq：

• 扩展袖和套装，加入Cuffquant和Cuffnorm

• Cuffdiff和Cuffnorm的条件和重复编辑器

• 增强的RNA-Seq可视化，具有自定义排序和过滤选项

• 使用增强的外部数据浏览器管理DNA-Seq和RNA-Seq项目

Sequencher 产品：

• SNP 检测 (SNP Detection)

• 序列装配 (Sequence Assembly)     

• 序列编辑 (Sequence Editing)

• 自动分析 (Automated Analysis)

• 矢量微调 (Vector Trimming)

SNP 检测

• 使用 Sequencher 来进行比较对准以便鉴别和报告 SNP 以及突变。
  例如，调用峰，功能分析你的序列以寻找潜在的杂合子。你可以控制定义杂合子的严格度。

• 在装配总揽中表示出杂合子的位置

• 你可以从杂合子跳到下，而需要在 Base View 里面按一下空格键。你还可以观察及其参考序列的转换。
  及其参考序列的区别会列在可导出的表格内。参考序列从装配到下装配时，SNP 的数目保持。

序列装配

Sequencher 的装配算法可以将你的 DNA 片断而又的装配起来。自觉的工具允许你在数秒内就可以设置好参数并且调整它们。

你可以不顾方向的装配序列。Sequencher 会比较前端和反转补体方向来装配可能的 Contig。

将 Sequencher 的多功能装配工具应用到：

• 确定矢量构造

• 装配病毒和细菌基因组

• 从 DNA 库中聚类数以万计的序列

• 将基因变体和参考序列做差异化数据

• 创建引物地图

• 将 DNA 装配成基因组序列

• 以及项目...

Sequencher能够给你足够的信心认为序列是决定正确的。你可以只观察序列的色谱图，你也可以从前端或反方向同时查看多个对齐的色谱图。在你的已对齐数据中滚动式很的。你可以使用Sequencher的选择工具来高亮不或者低质量的区域。

下一代DNA测序（NGS）

 Sequencher通过将新的同行评审的NGS算法从命令行中带入直观的点击界面，为台式科学家提供。是执行参考引导的比对，从头组装，变体调用还是SNP分析，Sequencher都拥有获得结果的工具。Sequencher了的Cufflinks套件，用于深入转录分析和RNA-Seq数据的差异基因表达。Sequencher可以使用自定义图表和图表生成RNA-Seq数据的可视化，从而在几秒钟内为您提供可用于发布的图形。

Sanger DNA分析

Sequencher广泛的Sanger分析功能是它构建的基础。从头到尾可定制。凭借易于使用的界面已经磨炼超过25年，初次用户将在几分钟内感觉像人士。修剪读取，自定义装配和对齐算法，变化表，摘要报告，注释等内容。

序列编辑

Sequencher 能够给你足够的信心认为序列是正确的。你可以只观察序列的色谱图，你也可以从前端或反方向同时查看多个对齐的色谱图。 在你的已对齐数据中滚动是很的。你可以使用 Sequencher 的选择工具来高亮不或者低质量的区域。

自动分析

Sequencher 可对你的数据进行批处理，这个过程是透明、用户可定义、可恢复的，并且 Sequencher 不为了自动化的目的而破坏你科学结论的正确性。
当你工作在多个序列时，Sequencher 可以：

• 调用峰

• 调整矢量

• 调整低质量的尾端

• 创建序列

• 恢复到实验数据

Sequencher 总是管理两份数据，一份编辑过的，一份则是原始的导入数据。当你应用“Revert to Experimental Data”命令到在你项目中已选定的序列或者在一序列中的选中部分时，你可以撤销或者部分编辑动作。
 

自从 4.5 以后，Sequencher 就了新的自动化工具，“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”，你可以选择片段名的一部分作为共享的标识符，或者说是“装配句柄”。Sequencher 就可以将选择和名字自动转换为 Contig。例如，通过按钮的点击，你就可以将 90 个文件，45对前端和反向序列转换成 45 个根据你的病人编号命名的 Contig。装配参数的变化都会重组你的片段，因此你可以根据克隆编号、日期、引物，或者你记录在序列名称中的，来装配 Contig。

如果你做了排序，你会感激“Assemble by Name”，尤其是在你有个带有标准引物集的样本序列时。事实上，在序列名中具有可用信息人的人，都有可能使用“Assemble by Name”。一些应用：

• 用于身份鉴定和人口研究的 MHC 和线粒体基因排序。

• 候选基因的 PCR 产品的分析。

• 对保存的跨系统分类物种基因的排序。

• 通过跟踪病毒对抗病毒剂或疫苗的抗药性，对病毒序列进行监控。

即使在项目中 Contig，“Assemble by Name”仍然是有用的，因为它 Contig 的名称可以较地表述样本的名称。如果你有命名为“Bob”的样本，那么正确命名你的 Contig 并不是什么难事，但你有象“Bob-2309888762-4321”这样更复杂的名字时，允许 Sequencher 命名你的 Contig 是有用的。

矢量调整

自动排序器以基础调用错误生成结果。从 DNA 库克隆的序列通常矢量序列、polyA 尾，或不相关序列。内含子和引物序列通常会和放大的外显子序列侧面相连。不调整的话，这些污染物会扭曲你的装配和下游分析。 Sequencher 允许你调整低质量或者含糊的数据。“Trim Ends”将令人误解的数据从序列片段的尾部去除。“Trim Vector”将污染序列尾部的序列数据移除。“Trim to Reference”剔除超出装配参考序列的序列尾部。

在执行调整之前，Sequencher 会显示计划调整的图形描述，这个功能允许你重新定义你的条件。

系统要求：

Mac要求：

Mac平台当前版本的Sequencher 5.4.6版本：10.7、10.8、10.9、10.10、10.11、10.12、10.13和10.14

在Mac上Sequencher的硬盘空间要求为355MB

在Mac上运行Sequencher的内存要求是8GB RAM。使用DNA-Seq工具处理NGS数据需要额外的6GN RAM。对于GSNAP，建议16GB。

Windows要求：

操作系统：Windows 10，Windows 8.1，Windows 8和Windows 7Sequencher 4.8和版本。Sequencher 5.4不再提供Windows XP。Sequencher 5.4.1不再提供Windows Vista。Sequencher 5.4.6不再Windows 7.

Windows上Sequencher的硬盘空间要求为280MB

在Windows上运行Sequencher的内存要求是3GB RAM

注意：Apple发行时，Sequencher5.4.6将与MacOS Catalina（10.15）不兼容。为了继续使用Sequencher 5.4.6，请暂时不要升级MacOS。