SnapGene - 分子生物学软件-北京睿驰科技

snapgene

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一款分子生物学克隆软件

产品概述

SnapGene 围绕 Plan、Visualize、Document 的工作方式展开：用户可以设计克隆方案，查看构建体如何组装，并保存形成最终质粒过程中的序列编辑和克隆步骤。

在项目验证方面，SnapGene 支持查看质粒特征、展示酶切位点、引物、ORF、翻译等信息，并可通过序列比对工具核对测序结果与模拟构建体是否一致。

核心功能方向

分子克隆设计

支持 Restriction Cloning、Gateway Cloning、Gibson Assembly、In-Fusion Cloning、TA Cloning、TOPO Cloning、NEBuilder HiFi Assembly 和 Golden Gate Assembly 等克隆技术方向。

PCR 与诱变

可模拟 PCR、重叠延伸 PCR 和引物定向诱变，并支持用于克隆流程的引物自动设计。

质粒特征与注释

可使用 SnapGene 的特征数据库或自定义特征对质粒进行注释，并在质粒图谱或序列视图中显示酶切位点、特征、引物、ORF 和翻译等信息。

序列比对与验证

支持将 DNA 序列与参考序列进行比对，用于克隆或诱变验证；比对算法包括 Clustal Omega、MAFFT、MUSCLE 和 T-Coffee，并支持使用 CAP3 组装 Sanger 测序 reads。

可视化与记录能力

DNA、RNA 与蛋白质视图

支持查看 DNA、RNA 和蛋白质序列的多个视图，并可浏览染色体大小序列。

序列编辑与颜色标记

支持编辑 DNA、RNA 和蛋白质序列，进行序列颜色编码，并查看序列 GC 含量。

琼脂糖凝胶模拟

可模拟并保存琼脂糖凝胶，模拟限制性酶切和 PCR 扩增，并配置泳道数量、琼脂糖浓度、运行时间和分子量标记等元素。

图形化历史记录

可记录实验流程和文档变化，查看产品的图形化历史，并使用历史颜色识别序列的近期变化。

搜索与数据管理

支持搜索 DNA、RNA 或蛋白质序列，也可搜索酶、特征或引物；同时支持项目文件夹和文件管理。

数据转换与共享

支持从多种常见文件格式读取和导出序列、注释及其他元数据，并可在共享驱动器、服务器或云服务中协作处理序列文件。

支持的克隆技术

完整功能清单

功能类别	包含内容
分子克隆	Restriction Cloning、Gateway Cloning、Gibson Assembly、NEBuilder HiFi Assembly、In-Fusion Cloning、TA & GC Cloning、TOPO Cloning、Golden Gate Cloning。
引物	设计引物；为克隆流程自动设计引物；退火两个寡核苷酸以形成双链产物。
PCR 与诱变	模拟 PCR、重叠延伸 PCR、引物定向诱变；基于密码子使用情况进行密码子修改；通过静默诱变添加或移除限制性位点。
限制性酶组	按公司或 cutter 使用预定义酶组；创建自定义酶组；查看详细酶信息；支持甲基化敏感性与相关错误预防。
数据管理	在 SnapGene 内进行项目文件夹和文件管理；从常见文件格式导入注释和备注；导出到标准格式。
注释与特征	创建和编辑特征；自动注释常见特征；创建和使用自定义 feature types；手动注释新特征；支持特征翻译编号和 ribosomal slippage。
翻译	查看和编辑翻译特征；查看 ORF 和全序列翻译；检查基因融合的 reading frames；支持 Make Protein 和 Reverse Translate。
序列比对	DNA 序列与参考序列比对；克隆或诱变验证；cDNA 与染色体比对；DNA 和蛋白质的双序列及多序列比对；可选 Clustal Omega、MAFFT、MUSCLE、T-Coffee；使用 CAP3 对 Sanger reads 进行 contig assembly。
可视化	查看 DNA、RNA 和蛋白质序列的多个视图；浏览染色体大小序列；编辑 DNA、RNA 和蛋白质序列；序列颜色编码；查看 %G+C；查看预测的 ssDNA、ssRNA 和寡核苷酸二级结构。
历史与搜索	提供 undo 能力；查看产品的图形化历史；用历史颜色识别序列近期变化；创建和共享 Collections；搜索 DNA、RNA、蛋白质序列以及酶、特征或引物。

软件界面展示

设计克隆流程

可视化实验流程

自动记录实验工作

自动查看质粒特征

使用比对工具检查序列

琼脂糖凝胶模拟

自动创建图形化历史记录

转换与共享数据

文件格式与平台支持

项目	支持内容
导入格式	支持 ApE、CLC Bio、Clone Manager、DNA Strider、DNADynamo、DNASTAR Lasergene、EMBL、GenBank / DDBJ、Geneious、MacVector、Vector NTI、Swiss-Prot 等常见格式。
数据导出	可导出到标准格式，并可读取和导出序列、注释及其他元数据。
运行平台	支持 Windows、macOS 和 Ubuntu。
Viewer 模式	未激活时的 Viewer 模式允许用户查看并进行 SnapGene 文件的基础编辑。