Canoco 5.1 - 生态排序分析软件
Canoco 生态排序分析软件将多变量统计分析、数据编辑与排序绘图整合在同一环境中，可用于研究生物群落结构、物种组成与环境因子的关系，以及生态实验中群落对处理的响应。
软件提供约束排序、非约束排序及偏排序方法，结合置换检验、解释变量筛选和变异分解，帮助研究人员组织生态数据、检验研究假设，并以排序图表达分析结果。
在一个项目中管理数据、分析和图形
Canoco 项目集中保存一组数据表及其分析，共享分析与绘图设置。研究人员可在电子表格编辑器中查看数据，在分析列表中组织不同模型，并通过分析笔记查看结果摘要、分析日志、排序得分和图形。
同一组数据可以开展不同排序分析，便于围绕研究问题比较模型结果，而不必将数据编辑、统计计算和图形制作分散到不同程序中。
从数据整理到排序模型
导入群落与环境数据
支持直接录入数据，或从 Excel 的 XLS、XLSX 文件及既有 Canoco 数据文件导入。导入时可指定数据区域和标签，保留较长的样本或变量名称，并按绘图需要生成简短标签。
分类解释变量可以按因子处理，由软件在内部生成虚拟变量（0/1 编码）；编辑器也支持因子与虚拟变量之间的转换。数据转换与标准化设置可结合数据表类型和各变量的性质进行选择。
线性排序
提供主成分分析（PCA）和冗余分析（RDA）等方法，支持相应偏排序，用于探索多变量结构或分析指定解释变量的作用。
单峰排序
提供对应分析（CA）、除趋势对应分析（DCA）、典范对应分析（CCA）和除趋势典范对应分析（DCCA），以及相应的偏排序方法。
基于距离的排序与非度量多维尺度分析
支持主坐标分析（PCoA）、基于距离的冗余分析（db-RDA）和非度量多维尺度分析（nMDS）。提供 11 种距离或相异性度量，包括 Bray-Curtis、Gower 和 Jaccard 等，可结合数据性质选择。
nMDS 可从 PCoA 结果出发，也可基于对 PCoA 结果的随机修改生成多个初始配置。结果中提供 Shepard 图，用于查看原始相异性与排序距离之间的关系。
解释环境效应与群落变异
置换检验与解释变量筛选
约束排序可配合蒙特卡罗置换检验，检验解释变量的作用及约束轴。置换方案可针对时间序列、样带、矩形网格和分层设计等采样结构进行设置，而非只使用不受限制的随机置换。
解释变量逐步选择提供包含全部解释变量的初步检验，以及 FDR、Holm 和 Bonferroni 等 p 值调整方式，有助于控制多重检验中的 I 类错误膨胀。
对于需要控制背景变异的分析，可引入协变量进行偏排序；也可使用 Procrustes 分析比较两个排序的结果。
变异分解与空间变量分析
支持对两组或三组解释变量进行变异分解，计算解释变异的不同组分。可结合偏分析或非偏分析，采用原始或调整后的变异估计，区分各组变量的独立解释部分及共同解释部分。
变异分解框架中提供邻体矩阵主坐标（PCNM）方法，其实现与 dbMEM 方法的相关建议相符，可用于构建并纳入空间解释变量。
主响应曲线
支持主响应曲线（PRC）的计算、检验与绘图，用于表达群落对实验处理的响应，适合生态及生态毒理实验的相关分析。
两类群落的协变关系
提供对称形式的协对应分析（CoCA），并可通过蒙特卡罗置换检验分析两类群落之间的协变关系。
功能性状与功能多样性
可使用物种功能性状数据，导入物种间系统发育相关性数据，并计算和使用功能多样性。
多方法组合分析
支持在单次分析中组合多种方法，包括使用广义线性模型分析得分之间的相关关系，以适应研究中的组合分析需求。
排序图与分析结果表达
在排序空间中展示数据属性
绘图工具与统计分析集成，可结合局部平滑（loess）、广义线性模型（GLM）和广义加性模型（GAM），展示数据属性在排序空间中的变化。
支持半透明填充、变量箭头校准轴，以及包围椭圆或包围多边形等表达方式。图形可导出为 PDF、TIFF、JPEG、PNG、BMP、EMF 和 Adobe Illustrator 等格式，便于用于论文和研究报告。
排序得分可从结果页复制到剪贴板，在项目内或其他程序中使用；扩展复制可将得分行与项目中的相应样本或变量对齐。
方法选择与结果理解：Canoco Adviser 和上下文帮助可围绕研究问题，提供分析方法、线性或单峰模型、数据转换和结果可视化建议。图形向导可辅助生成排序图，Adviser 也提供图形解读方面的提示。
常见问答
- Canoco 只支持 CCA 和 RDA 吗？
- 不止这两种方法。软件还提供 PCA、CA、DCA、DCCA、PCoA、db-RDA、nMDS，以及变异分解、PRC 和对称形式的 CoCA 等分析。方法应结合研究问题、数据结构和模型假设选择。
- 可以使用 Excel 中的样本、物种与环境数据吗？
- 可以导入 XLS 和 XLSX 文件，并指定数据区域与标签。分类解释变量可按因子处理，软件在内部生成相应虚拟变量。
- 能否排除部分样本或响应变量？
- 可以。关闭 QuickWizard 简化向导模式后，分析设置向导会显示更多页面，可选择样本或响应变量的子集；也可按项目中预定义的分组进行选择或排除。
- 为什么结果中没有显示排序得分？
- 分析笔记的简要模式会隐藏部分结果。切换为非简要模式后，可查看排序得分及分析日志；得分页支持复制所选列，也支持按项目数据项对齐的扩展复制。
- 为什么数据转换选项不可用？
- 需要检查数据表类型。物种丰度等同单位且可按样本求和的数据，可按组成型数据表处理；包含不同单位变量的一般型数据表，应分别设置各变量的转换。不要仅为启用某项转换而改变不符合数据性质的表类型。
- 普通 Windows 台式机和笔记本可以使用吗？
- 可以。支持 Windows 8、8.1、10 的 32 位与 64 位环境，以及 Windows 11。安装程序会根据 Windows 位数安装相应程序，项目文件可在两种位数的程序间使用。较大数据集的分析仍受可用内存和处理器性能影响。
- 是否有 macOS 或 Linux 原生版本？
- 没有原生版本。Canoco 曾在 Linux 的 Wine 环境，以及 Linux 和 macOS 的 CrossOver 环境中测试运行；这不等同于提供原生应用，具体系统与兼容层组合需在实际使用环境中确认。
正版采购与服务
可提供 Canoco 生态排序分析软件正版授权采购、软件报价咨询、授权选型及安装使用需求沟通。可结合使用人数、操作系统和研究分析需求确认方案，技术支持范围按所购授权及服务约定执行。
- 2026-10-14
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