生态学软件Canoco 5.15版本优化的内容

文介绍了Canoco软件新版本5.15包括蒙特卡罗排列测试的新方法、双重约束排序分析的增强功能、新的统计汇总、重要的用户界面更新，以及多项关键问题的修正。

改进 [515-01]：增加了执行蒙特卡罗排列检验的新方法。除了以前的响应数据排列（即Y排列）之外，用户现在可以选择排列预测因子（X排列）。此外，当使用包含协变量的模型进行检验时，通过向协变量添加截距，稍微改进了Y排列的算法。仍然可以执行旧式的（“传统”）Y排列。描述Y排列和X排列的论文存放在Canoco安装文件夹的pdf子文件夹中，主要论文名为 "CCA_permutations_draft.pdf"，更加理论性的论文名为 "RDA_permutations.pdf"。

改进 [515-02]：在双重约束排序分析中增加了新的统计汇总。大多数（10个）统计数据是针对每个双重约束排序轴提供的，但还提供了两个调整后的解释变异估计值。所有这些新统计数据都显示在专门的分析笔记本页面（称为双重约束 [P]CA）中，该页面中放置了双重排列测试（基于案例和基于响应变量）的汇总，以及可选的维度测试。新的复制按钮允许复制大部分显示的信息（旧的和新的）到剪贴板。专门的分析笔记本页面也变得可滚动。

改进 [515-03]：在双重约束排序分析中增加了一种新型的回归生物图，代表CWM（群落加权平均值）对环境预测因子的回归。

修正 [515-04]：在设置双重约束排序分析时，不允许更改从先前步骤传递权重的分析步骤中的行权重。这确保了实现dc-CA或dc-PCA方法的步骤之间的一致性。

改进 [515-05]：添加了幂次变换（指数默认值为0.1，允许范围从0.01到4），可应用于组成数据表（通常为群落组成）或普通数据表中的单个数值变量。

特性 [515-06]：在蒙特卡罗排列检验期间，不再支持残差的杠杆校正。

修正 [515-07]：当在Canoco 5项目中选择响应变量贡献缩放时，使dc-(P)CA算法抵抗产生错误结果。现在在适当的步骤中忽略这一点。

改进 [515-08]：交互式逐步选择对话框现在在模型选择阶段显示已选择的预测因子术语列表，以及每个预测因子被选择时的伪F统计量。

修正 [515-09]：在调整大小时，用直方图图形化总结蒙特卡罗排列检验结果的窗口未能正确重绘。

改进 [515-10]：在案例数量有限的情况下，并非所有约束轴都被计算。例如，当您的约束（解释）变量形成一个具有9个自由度的模型，而您的数据集有11个案例时，应该可以计算所有9个约束轴（尽管数据集不适合询问如此复杂的模型），但Canoco只估计了前四个。

改进 [515-11]: Graph Wizard提供的双重约束排序分析结果（包括所有分析模板变体）的排序图列表得到扩展，特别增加了CWM分析的回归生物图，该图汇总了社群加权均值（CWM）的单个功能特征与双重约束排序中使用的环境预测因子的（多重）回归。同时改进了通过Graph菜单中的“描述内容”指令提供的这些图表的描述。

修正的错误 [515-12]: 修改指定基于其频率排除稀有物种的现有分析时，更改的包含案例集合未立即反映在排除物种集合中，必须完成分析定义并重新打开和修改设置才能获得正确结果。

修正的错误 [515-13]: 使用“项目 | 创建派生项目 | 展开事件...”菜单指令创建扩展项目时，空的案例没有被扩展，这在使用线性排序方法分析此类数据时表现不佳。

修正的错误 [515-14]: 创建扩展项目时，原本为空的行被分配了1.0e-16的权重而不是精准的零。

改进 [515-15]: 在等值线图中标记等值线时，如果指定了固定小数位数的格式，则不应移除分数部分中的尾随零。

改进 [515-16]: 在等值线图中标记等值线时，应避免生成带负号的零值标签（例如“-0.0”）。

改进 [515-17]: 为t值生物图建议的轴固定范围（-1到+1）通常无法显示Van Dobben圆，在只有一个受约束轴的情况下尤其如此。因此，在这种情况下，对话框会提供并使用（用户如果保持选框选中的话）-1.1到+1.1的范围。

改进 [515-18]: 分析笔记本中针对基于“比较受约束和非受约束排序”或“测试单个受约束轴”模板的分析显示的专门面板中，介绍性文本字段的结尾不总是可读的，或者它会跳到下一个字段。