Canoco 5功能详细概述

Canoco是一款在生态学和几个相关领域中使用排序方法进行多元统计分析的程序。

Canoco 5程序的主要特点总结如下：

分析和绘图功能与一个易于使用的电子表格数据编辑器集成在一个程序中。对一组数据表进行的所有分析现在都收集在Canoco 5项目中，共享分析和绘图设置。

上面的快照显示了一个开放项目的Canoco 5工作区。左侧列出了定义的数据表和定义的分析，右侧显示了分析笔记本及其摘要页面和一个创建的排序图。

Canoco为Windows 4.5提供的所有统计方法都可用，如DCA、CA、CCA、DCCA、PCA和RDA方法，包括它们的部分变体，以及用于约束排序方法的蒙特卡罗排列测试，为来自非平凡采样设计的数据提供适当的排列设置。

上面的快照显示了选择排列测试类型的页面上的分析设置向导。在这里，用户正在选择哪些协变定义排列块。此外，还选择了分层（分割图/重复测量）设计的排列，并且必须在以下向导页面上对分层进行表征。

CanoDraw4.x提供的所有可视化工具都可用（包括黄土、GLM和GAM模型，用于在排序空间中可视化数据属性），其中许多都得到了改进。

这张快照显示了一张图表（属性图），其中使用黄土平滑器可视化了整个排序空间中物种丰富度的变化。此外，还绘制了解释变量的箭头，其中一个箭头（湿度）用其原始值校准。个别案例以符号形式显示，按管理类型进行分类。

数据可以在程序本身中输入，也可以从Excel（.XLS或.XLSX格式）或Canoco 4.x数据文件轻松导入。标签不再需要缩短为8个字符，但这些简短的表格仍然可以在排序图中显示，还可以从长表格中自动生成。现在使用因子（分类预测因子）的标准编码，内部生成伪（0/1）变量。编辑器允许从伪变量转换为因子，如果需要，还可以进行相反的转换。

上面的快照显示了Excel导入向导中的一个页面，其中指定了输入数据的范围以及行和列标签的多重性。在后台，您可以看到现有Canoco项目的数据笔记本。数据笔记本不仅可以查看，还可以以类似于Excel电子表格的方式进行编辑。

主坐标分析（PCoA）和基于距离的RDA（db-RDA）现在很容易访问，增加了新的距离测量（总共11种距离类型，包括Bray-Curtis、Gower距离或Jaccard系数）。同样，也支持非度量多维缩放。

当您为主坐标分析或基于距离的RDA选择分析模板时，上面的快照显示了分析设置向导中显示的专用页面。在此页面上，您可以选择要计算的距离类型（或使用从其他地方导入的距离或相似性），并指定在以下分析步骤中使用的分数。

对于两组或三组预测因子，可以很容易地进行变异划分，包括基于部分或非部分分析并使用原始或调整后的变异估计来计算解释变异的各个部分。

上面的快照显示了一个变体分区分析的分析笔记本中显示的专门页面。反应（社区数据）的变化由两组预测因素解释，划分过程有助于将这两组（a，b）的独特贡献与其共同的解释力区分开来。上表描述了各个分数，而中表包含了对两组的独特影响及其共同影响的显著性测试。

邻接矩阵主坐标（PCNM）方法在变异划分框架内是可用的。

上面的快照显示了分析设置向导的专用页面，您可以在其中定义点的坐标并选择PCNM的选项。

计算、测试和绘制主响应曲线（PRC）现在是一项简单的任务。

PRC方法是一种很有用的方法，可以可视化和测试外部因素（有毒物质泄漏、生态系统恢复行动等）对社区（反应变量）的发展影响。上面的快照显示了生成的图表（在顶部）以及图表向导中用于设置PRC图表的选项。

共对应分析（CoCA，对称形式）可用，包括蒙特卡罗排列测试。

共对应分析（CoCA）允许您将在同一组位置采样的两种类型的生物群落的组成联系起来。上述快照显示了CoCA分析笔记本中的结果，包括对偶排序图（包括植物和甲虫群落）和统计摘要，包括蒙特卡罗排列测试结果。

预测因子的逐步选择在视觉上得到了增强，现在为防止I型误差膨胀提供了支持（对所有预测因子进行初步测试，并通过三种方法中的一种调整p值）。Canoco 5还可以计算错误发现率。

解释变量的逐步选择是如何整理探索性实地研究结果的一种流行方法，Canoco 5通过保护用户免受从大量预测因素中逐步选择的大多数错误的影响，使这一程序超越了之前的版本。

可以对所有受约束轴进行直接测试，并将两个坐标的结果与Procrustes分析进行比较。

上面的快照说明了这两个过程，Procrustes旋转的结果在快照的下部以数字和图形进行了总结；上半部分报告了单个约束（规范）轴的排列测试。

人们可以很容易地处理物种的功能特征或导入物种系统发育相关性的数据。

Canoco 5工作区的上述快照（在后台）显示了一个带有多个数据表的数据笔记本。物种数据表包含有关群落组成的信息，而当前可见的特征表显示了单个物种的已知特征。对于个别情况，您还可以计算个体特征的平均值（也适用于因子特征），并直接分析该表。此外，当对作为病例的单个群落物种进行分析时，在测试期间进行系统发育校正可能是合适的。Canoco 5以Desdevises方法的形式支持这一点，为此，它允许以Newick格式导入系统发育树，并将其转换为父代距离矩阵，如快照前面的对话框所示。在Canoco 5中，您还可以很容易地对性状和环境变量进行RLQ分析。

半透明填充颜色属性、坐标图中变量箭头的校准轴或封闭椭圆作为封闭多边形的替代方案增强了可视化功能。添加了JPEG、TIFF和PDF格式的其他导出类型。

快照显示了为四种类型的管理创建的封闭省略号，显示了它们在排序空间中的分离。椭圆用半透明的颜色填充，可以读取图表中的其他信息。快照还显示属性编辑器的一部分，可用于修改Canoco 5图形的任一组件的属性。

您工作的每一步都得到上下文帮助系统和Canoco Adviser的支持，Canoco Advisor是一个专家系统，可以帮助您为研究问题选择合适的分析方法，以及正确类型的排序模型（线性与单峰）或适当的结果可视化。

上面的快照显示了新分析向导的末页，根据对所选数据表的检查，Canoco 5的专家系统（Canoco Adviser）建议进行适当的分析。Canoco Adviser也在您使用Canoco 5的其他阶段提供帮助（选择线性与单峰排序方法，为响应数据和预测因子选择转换，为分析选择合适的图表类型，解释图表内容等）