生态排序分析软件Canoco常见问答2

问：Canoco 5 能否分析我包含 20,000 个样本和 600 个物种的数据集？

答：是的，可以，还能处理更大的数据！在个人计算机上分析的数据规模总是有限的，但在版本 5 中，Canoco 软件本身只设定了 1670 万行和 1670 万列的数据表限制，这通常不构成问题。然而，电脑系统会施加更严格的限制，特别是在 32 位 Windows 上。标准应用程序在 32 位 Windows 中总共无法分配超过 2 GB 的内存，但 Canoco 5 通过特殊配置，在正确调整 Windows 设置后，可将其数据空间扩展到 3 GB。单个连续内存块的大小不能超过约 1 GB，因此 Canoco 5 的数据表条目数被限制在大约 1.34 亿条。另一个常见的限制通常来自处理器速度，使得分析真正庞大的数据时速度会变得很缓慢（但您可以安排计算机整夜运行）。

问： Canoco 5 与 R 中的 vegan 包相比如何？

答：R 中的 vegan 包实现了 Canoco 5 提供的大多数方法以及一些额外的方法。由于 R 是一个开放系统，那些在 vegan 中缺失的 Canoco 方法可以在其他相关或不相关的包中找到。然而，R 环境主要是面向指令行的，导入数据、执行分析或创建简单的排序图都需要调用函数指令，并且通常需要从复杂的函数参数集中进行正确选择。我们认为 R 环境很适合具有统计学背景的生态学家，但对于专注于自身研究主题的研究人员来说，在 R 环境中使用 vegan 包学习曲线陡峭，这对于那些在野外或实验室工作较长时间后重新评估数据的人来说，可能需要反复学习。Rcmdr 包提供了一个相对更用户友好的界面，结合 DiversityR 包，能提供 vegan 中部分多元方法，但仅是一个有限的子集，不包括所有高阶方法和高阶选项。

问：如何从分析中忽略样本或响应变量？

答：当您在特定用户帐户上开始使用 Canoco 5 时，Analysis Setup Wizard 会以所谓的 QuickWizard 模式显示。这反映在 QuickWizard 按钮（在下图快照中用红色矩形框标出）显示为按下状态。

每当您想要忽略（或加权）样本或响应变量时，必须在创建新分析之前（例如，点击分析列表下方的 New 按钮）或在更改现有分析的选项之前（例如，点击 Modify 按钮，然后选择 Replace in existing analysis），通过单击一次此按钮（其外观会变为扁平）来关闭 QuickWizard 模式。

关闭 QuickWizard 模式后，Analysis Setup Wizard 会显示更多页面，包括 Response and Explanatory Data 页面：

如果您选中（如上图所示）一个或两个标有 “Select”... 的复选框，设置向导随后将显示相应的页面，您可以在其中为分析选择一部分样本和/或响应变量。

要重新切换回 QuickWizard 模式，请再次单击工具栏中的同一按钮（这是一个切换按钮）。

您可以使用菜单 Project | Groups | of ... 来定义样本组和变量组，然后在设置向导的相应项目选择页面上使用 From group 按钮来选择或忽略属于特定组的样本或变量。

问： 如何显示/导出排序分值？

答：排序分值和其他排序统计信息在 Canoco 5 分析中可用，但通常不显示。当您在特定用户帐户上开始使用 Canoco 5 时，分析笔记本以简略模式显示，仅包含汇总页面和创建的图表，而其他信息（排序分值和分析日志）则被隐藏。要以非简略模式显示分析笔记本，您有两种选择。较简单的一种是显示当前活动分析笔记本的非简略模式：找到工具栏中显示三本不同颜色（红-绿-蓝）书籍的按钮并单击它。这将重新创建包含所有可用页面的分析笔记本。

或者，您可以从主菜单中选择 Edit | Settings | Canoco5 options ，并在 Canoco Options 对话框的 General 页面中取消选中 “Show brief version of notebooks with analysis results” 复选框：

然后点击 OK 按钮关闭对话框。

请注意，已显示的笔记本内容在此选项更改后不会自动更新。您必须关闭笔记本（例如，使用分析列表下方的 Hide 按钮），然后重新打开它（例如，使用 Show 按钮——对于已关闭笔记本的分析，该按钮会替换 Hide 按钮）。在隐藏和重新显示分析笔记本时，请注意，如果定义了多个分析并且某个分析笔记本被隐藏，焦点通常会切换到另一个分析。因此，要重新打开原始分析的分析笔记本，您必须在分析列表中重新选择它。

分值页面中显示的分数可以复制到剪贴板，并在 Canoco 5 程序内或程序外进一步使用。有两个上下文菜单用于复制选定的分数列：Copy scores 将按分数页面中看到的样子复制表格内容，而 Copy expanded 则将行集与项目中存在的相应数据项（样本、响应变量等）集对齐：当您希望将计算出的分数作为新数据表复制到项目中时，这一点很重要（某些数据项可能在分析输出中缺失，而因子变量会生成多组分数）。

为什么在 Analysis Setup Wizard 中响应数据转换功能被禁用？

您可能要对数据进行主成分分析，并希望对 PCA 中使用的变量值进行对数转换。但当您到达设置向导的相应页面时，对数转换不可用：

为什么会这样？主要有两种可能性：

(a) 您的数据表类型被错误地指定为 general，而它实际上是 compositional 类型。 数据表类型是在数据导入时指定的，您可能犯了错误。compositional 数据表重要的特性是其所有变量（列）都以相同单位测量，并且对每个样本（表格行）内的值求和是有意义的。例如，每列可以是一个生物物种，值是每个物种在每个样本中的丰度或生物量估计值。或者，列可以是不同类型的磷脂脂肪酸，值是它们在不同样品中的浓度。如果是这种情况，您可以通过在 Canoco 5 工作区左上角区域选择数据表（如下图所示中的 Table 2），然后选择菜单 Data | Change table kind to ‘compositional’ 来更改表格类型。

(b) 或者您的数据表被正确地指定为 general 类型。 此类数据表的不同列以不同单位测量，或者——即使单位对所有列都相同——对它们求和仍然没有意义。许多表征群落采样环境的数据集（例如水质分析结果、土壤化学分析结果等）就是这种情况。在这种情况下，您仍然可以指定变量的转换，但必须为每个变量单独指定（因为很可能选择的转换会因变量而异）。这些转换可以通过在 Canoco 5 工作区左上角区域选择相关数据表，然后从 Canoco 5 菜单中选择菜单 Data | Default transformation and standardization 来指定。此指令会显示以下对话框，您可以在其中选择各个变量（因子变量除外），然后选择适当的转换。实际上，Canoco Adviser 会尝试建议转换类型，但其考虑限于在 “No transformation” 和对数转换之间进行选择（在后一种情况下会建议适当的常数）。

设置了默认转换后，无论何时在分析中使用相关变量（无论是作为响应变量还是作为预测变量——解释变量、补充变量或协变量），都会应用这些转换。为了确保这一点，您可以返回 Variable Transformations 对话框进行检查，或者可以检查分析笔记本的 Log 选项卡。