DNA序列分析软件

DNA序列分析软件Sequencher可与DNA测序仪配合使用，并重叠群组装，较短的学习曲线，用户友好的编辑工具以及的技术而闻名。

生命科学人员将Sequencher用于不同的DNA序列分析应用程序，从头基因测序，突出检测，法医鉴定，系统学等。

Sequencher内含多种拼接算法，还有功能的序列编辑工具、具有ORF分析，没切点作图、杂合子识别等分析功能。可以应用于杂合子和SNP的检测和分析， cDNA到染色体DNA的大型间隙对准，比较排序，对置信评分的，ROD转换，GeneBank化导入、以及限制酶映射等等，序列比对可直接用MEGA操作，编辑更为方便，比对时间稍短。Sequencher新版本为5.4.6。

DNA序列分析的新功能和增强功能：

• Sanger从Primer - BLAST发送引物对序列，在Sequencher Connections中运行到Sequencher项目使用项目窗口中的共享序列作为混合测序项目的NGS比对的参考序列。

• New Batch Revert Trim Ends命令

• 能够在项目窗口中调整字体大小

NGS：

• 更快的GSNAP 和BWA-MEM工作流程

• 构建可重复用于与全基因组比对的GSNAP数据库和BWA索引

• 使用FastQC报告查看和保存NGS原始数据文件的得分和元数据

• 成本变体调用文件（VCF）以使用SAMtools标记NGS对齐中的变体

RNA-Seq：

• 扩展袖和套装，加入Cuffquan和Cuffnorm

•  Cuffdiff 和 Cuffnorm 的条件和重复编辑器

• 增强的RNA-Seq可视化，具有自定义排序和过滤选项

• 使用增强的外部数据浏览器管理DNA-Seq和RNA-Seq项目

• 多种可拍之的DNA组装算法

• 的DNA序列编辑工具

• 序列数据置信度值

• 的参考序列和方差表可地找到SNP

• 的限制映射

• 广泛的数据导入和导出功能，可定制的GenBank功能处理

• 用于法医mtDNA分析的工具

• 的HTML帮助

研究领域

• 病理学

• 遗传学

• 病毒学

• 微生物学

• 系统学

• 法证

系统要求

Mac要求：

Mac平台当前版本的Sequencher 5.4.6版本：10.7、10.8、10.9、10.10、10.11、10.12、10.13和10.14

在Mac上Sequencher的硬盘空间要求为355MB

在Mac上运行Sequencher的内存要求是8GB RAM。使用DNA-Seq工具处理NGS数据需要额外的6GB RAM。对于GSNAP，建议16GB。

Windows要求：

操作系统：Windows 10，Windows 8.1，Windows 8和Windows 7Sequencher 4.8和版本。Sequencher 5.4不再提供Windows XP。Sequencher 5.4.1不再提供Windows Vista。Sequencher 5.4.6不再Windows 7.

Windows上Sequencher的硬盘空间为280MB。

在Windows上运行Sequencher的内存要求是3GB RAM。