Primer Premier 是面向标准 PCR、复用 PCR 和 SNP 基因分型实验的引物设计与分析软件，支持序列获取、同源性与模板结构检查、预设计引物评估、手动搜索、序列视图、报告输出及项目数据管理。

LAMP Designer 可用于环介导等温扩增实验的引物设计，支持围绕目标 DNA 的六个区域设计两条内引物和两条外引物。软件提供交叉同源性规避、BLAST 特异性验证、多重 LAMP 引物组检查、结果导出、项目数据管理和本地数据库管理等功能，可用于 DNA 与 RNA 等温扩增实验方案设计。

DNA Sequence Assembler 可用于 automatic DNA sequence assembly、DNA sequence analysis、contig editing、file format conversion 和 mutation detection。软件支持低质量区域修剪、vector / primer sequences 处理、contig 歧义碱基校正、参考序列组装与比对、批量序列处理、色谱图查看编辑、双峰突变检测、碱基质量评估和多种 DNA 文件格式转换。

SnapGene 是用于分子克隆设计、模拟、可视化与记录的软件，可用于质粒、引物和 DNA 构建体设计，支持常见克隆技术、PCR 与诱变模拟、质粒特征注释、序列比对、琼脂糖凝胶模拟、图形化历史记录、数据转换与共享等分子生物学工作流程。

DNADynamo 是面向分子生物学实验流程的 DNA 测序与序列分析软件，可用于序列导入、带注释序列文件检索、测序数据组装、突变分析、克隆方案设计、引物设计、PCR 模拟、质粒图绘制、DNA 与蛋白质多序列比对、BLAST 检索、GenBank 文件检索和 PDB 结构文件显示，支持 Windows、Mac OSX 和 Linux 环境，并支持跨系统文件兼容。

Lynnon Biosoft 为激动人心的基因组科学的教育、研究和开发开发和销售生物信息学软件平台。DNAMAN 为序列分析和数据挖掘提供了一个有效的工具包。

DNASTAR激光基因用于分子生物研究、蛋白质分析、基因组学和转录组学研究的序列分析软件。

PrimerPlex是一种高效且复杂的工具，用于设计多重PCR的引物。多重分析有助于在单个反应容器中扩增多个目标，从而减少试验时间和成本。

ThermoSleuth原名为ThermoBLAST，针对基因组几何扫描多个引物以查找全部杂交和扩增子。ThermoSleuth发现全部错误杂交位点，消灭PCR中的假阳性。

Beacon Designer是一个qPCR工具，用于为SYBR Green、TaqMan、HRMA、LNA spiked TaqMan、MethyLight TaqMan、molecular beacons、Scorpions和FRET分析设计高效和特异性寡核苷酸。