Beacon Designer - PCR引物和探针设计软件
Beacon Designer - PCR 引物和探针设计软件面向实时荧光定量 PCR（qPCR）研究，提供引物与探针的自动设计、已有寡核苷酸评估、特异性检查和候选方案评级。支持 SYBR Green、TaqMan、高分辨率熔解分析、甲基化分析、分子信标等设计需求。
软件将序列同源性检索与模板结构分析用于引物和探针设计，自动避开检索识别的显著交叉同源区域及模板结构区域。用户可以调整设计参数，并在候选方案中比较寡核苷酸性质、结构与组合兼容性。
从序列检查到候选方案筛选
结合 BLAST 结果检查特异性
可在程序中进行 BLAST 检索，并自动解释结果。设计时可依据序列一致性、E 值或两者筛选需要避开的同源区域；也可对引物、探针或扩增子进行 BLAST 检索，辅助检查特异性。
分析并避开模板结构
可指定模板折叠温度，搜索模板二级结构，并将结果用于引物设计。序列视图以图形方式标示同源区域、模板结构及所设计寡核苷酸的位置，便于检查设计区域。
设置参数并保存设计模板
可使用默认参数，也可结合研究需求调整搜索目标值与容差范围。引物和探针设计参数可保存为模板，在后续序列搜索中重复调用。
评级与评估已有方案
按候选寡核苷酸与目标参数的匹配程度进行评级，并提供排序后的备选结果。可评估已有引物或探针，在相应设计模式中为给定寡核苷酸设计兼容的配对引物或探针。
常用 qPCR 引物与探针设计
SYBR Green 引物设计
支持新引物设计与已有引物组评估，采用近邻热力学方法计算引物熔解温度（Tm），筛选热力学性质和二级结构。可围绕所选外显子连接区域设置引物设计，支持跨外显子—外显子或外显子—内含子连接区域的引物搜索。
已设计的 SYBR Green 引物可用于后续兼容探针设计；针对 SNP 分型研究，也可使目标 SNP 位于或接近引物的 3′ 端。
TaqMan 与锁核酸修饰探针
提供 TaqMan 探针及配套引物设计，可用于基因表达和 SNP 分型相关研究。支持评估已有引物组后设计兼容探针，也支持从已有探针出发设计兼容引物，并显示探针二级结构。
支持锁核酸（LNA）修饰的 TaqMan 探针设计，可指定 LNA 碱基数量、位置，以及探针两端不含 LNA 的区域。
多重实时 PCR 组合设计
TaqMan 模式支持对至多五条序列进行多重设计，并考虑寡核苷酸间的交叉杂交、二聚体及 Tm 匹配等因素。可纳入参考基因或管家基因，也可评估已有引物组的多重兼容性，或为新增序列设计与既有组合兼容的寡核苷酸。
突变与 DNA 甲基化研究
高分辨率熔解分析（HRMA）
在目标突变两侧设计引物，筛选 Tm、GC 含量等参数，并避开模板结构。支持 SNP、插入、缺失、替换及混合突变相关设计，显示野生型与突变型扩增子的序列性质和熔解温度，也可评估已有 HRMA 引物。
MethyLight 甲基化分析
可预测 CpG 岛或手动指定 CpG 区域，设计相应的甲基化敏感 PCR 引物与 TaqMan 探针。支持为未甲基化及未处理的 DNA 序列设计对照引物和探针，并显示对应的亚硫酸氢盐处理链。
分子信标及其他探针体系
分子信标与 NASBA 设计
支持标准分子信标的设计与评估，可选择茎部长度，并以图形显示信标结构及其性质。可检查分子信标与引物之间的交叉同源性，设计用于野生型和突变型等位基因的信标，或为已有引物组设计兼容信标。
针对核酸序列依赖性扩增（NASBA），可设计用于单模板、多重及 SNP 分型研究的分子信标，并评估已有的引物和探针。
FRET 探针设计与结构评估
支持荧光共振能量转移（FRET）探针设计及已有方案评估，可为已有探针设计配套引物，或使用 SYBR Green 模式中的引物开展兼容探针设计。
结构分析窗口可查看自身二聚体、发卡结构、连续同一碱基和重复序列等信息，结合自由能等数据比较候选探针。支持用于区分野生型与突变型等位基因的 FRET 探针设计。
蝎形探针（Scorpions）设计
支持引物与探针元件耦合的 Scorpions 体系，按指定熔解温度范围设计引物并选择茎部长度。可结合交叉同源性与模板折叠区域进行筛选，以图形显示候选结构及其性质，也可评估已有 Scorpions 方案。
结果整理与方案复用
可生成设计报告，展示引物和探针在序列上的位置、备选寡核苷酸、扩增子与序列性质，以及所采用的设计参数。支持从序列视图导出寡核苷酸及模板，并将项目打包为压缩文件，便于资料保存和协作交流。
评级用于辅助筛选：寡核苷酸评级反映设计结果与所设目标参数的匹配程度，不等同于实验成功率，也不能据此断言较高评分的方案在实验中必然表现更好。
系统与使用环境
Beacon Designer 可在 Windows 计算机上使用，列明的系统包括 Windows XP、Vista、7、8 和 10。Windows 11 及其他未列明系统的适配情况，需在采购部署前单独确认。
| 配置项 | 基本要求 | 推荐配置 |
|---|---|---|
| 处理器 | Pentium IV 1.80 GHz | Intel Core i3（第三代） |
| 可用内存 | 1 GB | 2 GB 或以上 |
| 可用磁盘空间 | 500 MB | 1 GB |
| 屏幕分辨率 | 800 × 600 | 1024 × 768 |
常见问答
- 软件只用于分子信标设计吗？
- 不是。除分子信标外，还支持 SYBR Green、TaqMan、LNA 修饰 TaqMan、MethyLight、HRMA、Scorpions 和 FRET 等相关设计。
- 已有实验验证的引物还能继续使用吗？
- 可以在相应模式下评估已有寡核苷酸，并设计兼容的引物或探针。多重设计也支持结合已有组合，为其他目标序列搜索兼容方案。
- 是否只能使用在线 BLAST？
- 除在线检索外，软件也支持解释本地数据库的 BLAST 结果，并提供 Desktop BLAST 本地序列或基因组数据库配置方式。在线检索及模板结构服务的可用性受网络、外部服务和软件适配情况影响，部署时需核对实际运行条件。
- 五条序列的多重设计适用于所有模式吗？
- 至多五条序列的多重设计对应 TaqMan 模式，不能直接将该数量套用到其他探针体系。所选体系、已有寡核苷酸和设计参数需结合具体研究方案确认。
正版采购与服务
可提供 Beacon Designer PCR 引物和探针设计软件正版授权采购、软件报价咨询、授权选型及安装部署需求沟通。可结合实验体系、使用人数与计算机环境确认采购方案，技术支持范围按所购授权及服务约定执行。
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