PCR引物和探针设计软件Beacon Designer™的问题解答

Beacon Designer™ 如何在不使用浏览器的情况下从互联网访问序列？它需要浏览器吗？

答：Beacon Designer™ 以编程方式连接到Entrez以下载所需的序列。它不需要浏览器。然而，Beacon Designer™ 当您选择“查看”>“序列详细信息”时，将启动浏览器以显示序列详细信息。

为什么当我评估引物/探针组时，即使发夹、二聚体等的dG值还可以，程序对其的评价也很差。即使我输入了程序之前发现并评价良好的引物/探针集，情况也是如此？

答：评级决定了相对于每个参数指定的公差极 限，设计的寡聚物在多大程度上满足搜索参数。如果所有参数都处于其理想目标值，则评级为100。另一方面，如果所有参数都恰好处于其公差极 限，则评级将为0。因此，给定探针的评级取决于两个因素：

1.探针与每个参数的目标值的接近程度以及

2.规定公差的严格程度。选择程序中提供的默认公差来表示典型实验的要求。高评级探针的大多数或所有参数都接近其理想值，并且很可能工作良好。

低额定值的探针不一定会失效。可能值得考虑其相对于特定实验条件的特性，并决定探针是否可接受，或者低评级是否是严格规定公差的假象。请参阅在线帮助的“算法和公式”部分下的“评分公式”。

信标设计师™ 使用统计优化技术为您显示蕞佳引物探针集。如果出于某些原因，您认为它们不符合您的研究需求，可以从“备选”列表中选择引物和探针。默认情况下，显示的备选引物和探针的数量为两个。要获取更多序列，请转到“分析”>“TaqMan®”搜索，然后在“输出选项”中，将“每个序列的备用TaqMan®”的数量更改为蕞多50的任意数字。当您单击Alternate TaqMan®时，该列表将可用。。。或备用底漆。。。在TaqMan®属性选项卡中。

在设计TaqMan®探针时，会选择蕞佳的引物探针组。但是，在评估探针时，该程序为被评估的探针设计蕞佳引物对。当程序设计这样一对时，目标Tm（搜索参数）是一个范围。而在评估探针时，搜索仅 限于研究人员设置的值。例如，搜索目标Tm比TaqMan®（+/-2度）小10度的引物对，然后研究人员将不得不在Evaluate TaqMan®窗口中适当更改目标Tm，这很棘手。这就是为什么在评估过程中报告了不同的引物对。因此，在设计和评估过程中考虑的参数是不同的，并导致对同一探针的不同评级。