Primer Premier 软件资讯：核心功能特性概览

全新改进的搜索算法

• 采用优化后的搜索算法。

• 自动规避同源区域与模板二级结构。

• 新增序列视图，可直观查看引物在模板上的位置。

• 采用全新改进的图形用户界面，提高使用体验。

自动序列检索

支持通过 accession/GI 编号及检查 ID，直接从 GenBank 和 dbSNP 快速批量导入序列。利用多重检索功能，也可从本地驱动器加载序列。

自动规避同源性与模板结构

用户可在程序内执行 BLAST 搜索及模板结构检测，两者的结果均用于引物设计。在引物设计过程中，系统会自动避开具有显著交叉同源性和模板结构的区域。

预设计引物评估

Primer Premier 可分析并评估预设计引物的各项属性，并对其进行排序，帮助用户判断引物与目标值的接近程度。该功能对使用已发表或经实际验证的引物尤其有用。支持评估包含多达 5 个错配的引物。

对于特定引物，Primer Premier 还能设计出兼容的配对引物。例如，对于预设计或已发表的正向引物，软件可找到符合所有设计标准的兼容反向引物。

用户无需输入模板序列即可评估正向/反向引物或引物对。软件会显示被分析寡核苷酸的所有属性，并可导出为 HTML 或 CSV 格式文件。引物按评分排序，便于用户判断其与目标值的匹配程度。

手动引物搜索

Primer Premier 将引物设计的完整控制权交给用户。通过手动引物搜索选项，用户可在模板序列上点击任意核苷酸，即可在该位置获取引物。软件会设计一条 3' 端位于该核苷酸的引物并即时分析其特性。引物长度也可按用户需要灵活调整。对于诱变和克隆实验，该功能有助于在受限区域内获得较优设计。Primer Premier 支持沿 DNA 序列“滑动”引物，实时显示各项属性，帮助用户直观定位放置寡核苷酸的合适位置。

编辑模板序列

模板序列支持编辑。用户可使用标准的剪切/复制/粘贴功能修改碱基，以精准定位目标区域。也可选中不需要的区域并点击删除按钮移除。程序允许用户为序列添加注释或标注，以备后续参考。

序列视图

所选序列可按每块 3 或 10 个碱基、单链或双链方式显示。设计的引物以颜色标记：正义引物为蓝色，反义引物为红色。选定的 SNP 以粉色标记。同源区域以黄色高亮显示，参与模板结构的碱基以下划线标注。用户可将“序列视图”连同引物设计结果以 CSV 或 HTML 格式导出。

生成报告

用户可为设计的检测方案创建可用于演示的报告，适用于实验记录或与同事共享信息。报告可视化显示引物在序列上的位置，包含备选引物列表，并展示引物、扩增子及序列属性，以及引物设计程序所使用的设计参数。

本地与桌面 BLAST 选项

用户可通过本地和桌面 BLAST 选项，将序列与本地自定义数据库进行比对。在计算机上创建文本或 FASTA 格式的序列数据库，并从 Primer Premier 中 BLAST 查询序列，结果随后可用于引物设计。此功能特别适用于不希望将数据提交到互联网或处理未发表信息的情况。

计算器

内置计算器可计算 GC 含量、显示碱基计数，并支持获取互补链和反向互补链。

数据与数据库管理

支持创建多个项目，可针对每个实验建立独立项目，便于管理多重实验数据。维护本地数据库，用于存储序列信息和搜索结果。