Geneious Prime 支持的数据输入格式
Geneious Prime 版本可导入以下文件格式：
| 格式名称 | 文件扩展名 | 常见来源 |
|---|---|---|
| BED | *.bed |
UCSC |
| 通用组装格式 | *.caf |
Sequencher |
| Clone Manager 分子文件 | *.cm5 |
Clone Manager |
| Clustal | *.aln |
ClustalX |
| CSFASTA | *.csfasta |
ABI SOLiD |
| 逗号/制表符分隔值 | *.csv, *.tsv |
Microsoft Excel |
| DNAStar | *.seq, *.pro |
DNAStar |
| DNAStar SeqBuilder 文档 | *.sbd |
DNAStar |
| DNA Strider | *.str |
DNA Strider (Mac程序), ApE |
| Embl/UniProt | *.embl, *.swp |
Embl, UniProt |
| EMBOSS 密码子使用表 | *.cusp, *.cut |
EMBOSS cusp 工具 |
| Endnote (8.0 或 9.0) XML | *.xml |
Endnote, 期刊文章网站 |
| Excel 电子表格 | *.xlsx, *.xls |
Microsoft Excel |
| FASTA | *.fasta, *.fas, *fasta.gz 等 |
ClustalX, BLAST, FASTA |
| FASTQ | *.fastq, *.fq, *fastq.gz 等 |
Illumina 及其他 NGS 测序仪 |
| GCG | *.seq |
GCG |
| GCG 密码子使用表 | *.cod |
GCG CodonFrequency 工具 |
| GenBank | *.gb, *.xml |
GenBank |
| Geneious | *.xml, *.geneious |
Geneious |
| Geneious 教育版 | *.tutorial.zip, *.geneiousTutorial |
Geneious |
| GFF, GFF3, GTF | *.gff, *.gff3, *.gtf |
NCBI, Ensembl 及其他基因组浏览器 |
| MEGA | *.meg |
MEGA |
| 分子结构 | *.pdb, *.mol, *.xyz, *.cml, *.gpr, *.hin, *.nwo |
3D 结构数据库和程序 |
| Newick | *.tre, *.tree 等 |
PHYLIP, PAUP*, Figtree, 其他建树程序 |
| Nexus | *.nxs, *.nex |
PAUP*, Mesquite, MrBayes & MacClade |
| PDB | *.pdb |
SP3, SP2, SPARKS, 蛋白质数据库 |
*.pdf |
Adobe Writer, LaTeX, Office | |
| Phrap ACE | *.ace |
Phrap/Consed |
| PileUp | *.msf |
pileup (gcg) |
| PIR/NBRF | *.pir |
NBRF PIR |
| Qual | *.qual |
与 FASTA 文件关联 |
| 原始序列文本 | *.seq |
任一仅包含序列的文件 |
| 富序列格式 | *.rsf |
GCGs NetFetch |
| SAM/BAM | *.sam, *.bam |
SAMtools |
| 序列色谱图 | *.ab1, *.scf |
ABI Sanger 测序仪 |
| SnapGene 序列 | *.dna, *prot |
SnapGene |
| 文本/HTML | .txt, .rtf, .html |
简单文本编辑器 |
| VCF | *.VCF |
1000 基因组计划, SNP 调用工具 |
| Vector NTI 序列 | *.gb, *.gp |
Vector NTI |
| Vector NTI/AlignX 比对 | *.apr |
Vector NTI, AlignX |
| Vector NTI 存档 | *.ma4, *.pa4, *.oa4, *.ea4, *.ca6 |
Vector NTI |
| Vector NTI/ContigExpress | *.cep |
Vector NTI |
| Vector NTI 数据库 | VNTI Database | Vector NTI |
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