探索Sequencher软件的Connections功能

Sequencher Connections代表了一种对序列或序列组执行多重分析的新方法。Connections扩展了Sequencher的功能，允许您设置可以运行使用不同参数或数据库的不同分析的“通道”。通过同时对不同通道上的多个序列或序列组运行分析，Sequencher Connections可以提高获得结果的速度。

Sequencher Connections现在更加灵活且可定制。现有的Connections会话可以重新打开并添加新的序列。您的Connections会话可以重定名以反映您的项目。现在有更多选项可用于将通道添加到Connections会话，并且还可以定名每个通道。

您可以在连接会话中对单个序列进行BLAST搜索。可以设置通道以搜索具有不同参数的NCBI数据库或每个通道使用的数据库。可以设置本地BLAST通道来搜索计算机上的数据库。您还可以设置Primer-BLAST通道来设计感兴趣区域的引物，并将这些引物序列发送到您的 Sequencher产品。引物序列将具有彩色碱基和应用于它们的引物特征。该示意图在单个窗口中显示多个通道的结果，以便您比较不同运行的结果。

您的Connections会话会自动与您的项目一起保存。使用新的会话启动器，可以轻松创建新会话、向现有会话添加更多数据，或者简单地查看并重新运行旧会话以查看是否有任意新的感兴趣序列已添加到您之前查询的数据库中。使用示意图同时提供BLAST、Local-BLAST和 Primer-BLAST分析的图形概述。同时打开多个会话的能力意味着您可以轻松查看所有结果。当NCBI网站上的结果过期时，您可以确信它们仍然安稳地存在于Connections中。

您可以在连接会话中为一组序列运行MUSCLE比对。结果可以视为比对序列或使用谱系图可视化。不同的通道可以设置使用不同的参数。可以将序列添加到现有会话中，以便不同的行查看不同的序列组。然后可以比较不同通道和行上的运行。

BLAST和Local-BLAST

BLAST可能是您一直使用的工具，但有很多参数和选项，您可能不会记住每个参数和选项的影响。Sequencher Connections可帮助您在更短的时间内完成更多工作并比较您的结果。

您想比较不同设置的结果吗？您想将搜索分成针对不同数据库的单独查询吗？也许近来发布了某些内容并且现在已在数据库中，或者您可能对自己的数据了解了一些新内容。Connections允许您同时运行许多不同的数据库搜索，并在完成后尽快返回结果。然后您可以保留所有结果并可以使用原理图对它们进行比较。示意图是一个并行图形显示，以BLAST无法做到的方式显示单个序列的所有分析结果。

如果您可以通过一个序列完成所有这些行为，那么请考虑一下在同一会话中可以使用多个序列做什么。

Primer-BLAST

使用Primer-BLAST分析序列并检查特异性。

并行化您的分析 - 使用多组不同的设置并同时运行相同的序列甚至不同的序列，而无需编写脚本。

现在，一键将您的数据保存到您的项目中。

您的新引物会自动标有GenBank风格的功能键，使它们在比对中更容易看到。引物按方向进行颜色编码，以便您在使用时轻松识别，并且由于其定名约定，您永远不会混淆它们。

MUSCLE and Trees

当您想要寻找DNA序列中的保守区域时，请寻找“MUSCLE”。与许多其他多序列对准器相比，它速度快且精度更高。它易于使用，通过 Sequencher Connections，您不仅可以看到对齐的区域，还可以以矩形或圆形树格式查看结果。

您可以在同一组序列上设置多个MUSCLE运行，并将每个分析（或通道）设置为使用不同的参数。您是否想将不同的数据集保存在一起，但对它们运行相同的MUSCLE参数？将它们添加到同一个Connections会话中，因为会话中的每一行都可以包含不同的序列组。MUSCLE在不同的通道和行上运行，然后可以进行比较，为您提供对数据的独特视角。