Diamond - 晶体分子结构可视化软件

Diamond是一款出色的分子和晶体结构可视化软件。它集成了多种功能，克服了晶体结构数据在研究、教育以及出版物和演示中的工作。它不仅能像它的大多数竞争性程序那样，画出分子和晶体结构的漂亮图画。它提供了一组广泛的函数，使您可以根据一组基本结构参数(细胞、空间群、原子位置)轻松地对晶体结构的任意部分进行建模。凭借其高数据容量，其广泛的功能，从分子的生成到相当复杂的无机结构框架的构建，Diamond是分子和固态化学家以及表面和材料科学家的综合工具。

Diamond新版本5.0已于2023年10月发布。本文专门面向版本4用户，简要概述了版本5.0附带的新功能和更改功能。

探索视图

在此特殊视图中，您可以检查和更改键合球以及非键合触点和氢键的球体，比仅仅在“连通性和原子环境”对话框窗口中移动距离直方图中的球体边界更具交互性。提到的对话框仍然可用。此视图中不提供大多数图片设计功能，因此您可以专注于键合和接触球的研究。

氢键球的探索，晶体学开放数据库的样品7106313

屏幕截图显示了右侧的主图形视图和称为“探索控制器”的控制窗口（可以停靠在不同的位置或浮点）。在控制器中，您可以选择要探索的属性，以及是否应用于单个原子或整个分子或（聚合物）片段。直方图显示了与相邻原子的距离，键合球为黄色，接触球为粉红色。

可以通过单击距离表中的复选标记或移动直方图中的边界或单击结构图片图形中的键/触点来添加或删除键（或接触或氢键，rsp.）。

改进的图片创建工作流程

从版本3和4开始，有几个指令可用于从结构数据集创建多张图片。版本5引入了两个新指令，以实现更流畅、更直观的工作流程：

- 拍照只需将图片作为当前图片的副本拖放，

- 继续使用新图片以保持当前图片对象不变，并使用新的图片对象继续研究或创建。

这使您可以自发地保存晶体或分子结构的印象 并使用掉落的图片作为更详细的结构图片版本的起点 - 或者如果您拍摄了太多照片，请干脆丢弃一些。

新建图片并使用新指令复制到新图片 拍照并继续新图片

更多图片停靠窗口

• “更多图片停靠”窗口显示文档（或仅当前结构）的所有图片或除当前图片之外的所有图片的缩略图。 作为停靠窗口（也可以是浮动的），在主“图片编辑”视图中，您正在编辑的图片旁边的图片概览比版本4中的链接缩略图更灵活。
• “更多图片”窗口补充了导航树以及图片选项卡和链接缩略图，它们仍然可用。

标题栏又回来了

从版本3开始就知道的标题栏又回来了，它提供了更好的方向来构建数据集和哪个文档当前编辑的图片属于哪些其他图片可用。版本4的选项卡栏（优选图片）和链接栏（其余图片）仍然可用，可以额外使用或替代标题栏。

带有“更多图片”停靠窗口和“标题栏”的屏幕截图

从版本4开始已知的选项卡栏仍然可用 - 即使与标题栏结合使用

图片菜单分为“图片”和“显示”

“图片”菜单现在将专注于图片对象的管理，而新的“显示”菜单则收集 您正在编辑的图片（或在“缩略图预览”中标记为选定的图片）的实际显示设置（原子和键合设计、方向等）。

“图片”菜单的屏幕截图（带有用于浏览的新指令以及“拍照”和“继续使用新图片”）和单独的“显示”菜单

从版本4导入注册表设置

“工具”菜单中的新指令可帮助您将（选定的）设置从版本4导入到版本5。这对于传输 Atom 设计资源（元素的颜色）、构建和设计方案、近来的文件和图片、表配置等特别有用。

文件导入和导出

• “文件”菜单中的新指令“导入”和“导出”是对“打开”和“保存”指令的补充。
• 与版本4及更早版本相比，版本5的“保存”和“文档另存为”指令将文档保存在打开文档的文件夹中(默认情况下)，而Export则为下一次调用注册新使用的文件夹。换言之：Export现在执行Save之前在版本4和之前版本中所做的动作。（不过，您可以在“保存”对话框中更改存储数据的位置/文件夹。您可以在“工具/选项”对话框中恢复版本4的默认行为。
• “导入”指令创建一个空文档，并运行自版本4以来“从文件插入”指令中已有的功能。

新的COD版本

• 晶体学开放数据库（COD）的新版本可用于Diamond版本5。由于其大小，它不再是Diamond安装包的一部分，但可以/必须从File/Search指令/对话框的COD页面安装。

DPI 感知

• Diamond版本5现在原生支持高dpi设备（高分辨率屏幕）。在以前的版本中，缩放是由系统从常规的96 dpi分辨率开始完成的。

拍照

• 视频序列的录制（从版本3开始可用）可以通过拍摄单个图像（快照）进行补充，并将它们拖放到图像缓冲区中，稍后保存。
• 只需使用“工具”菜单中的新“获取图像”指令或相应的工具栏按钮，即可将当前结构图片的快照放入图像缓冲区中。
• 使用新的“工具”/“保存图像...”指令将缓冲区中的图像另存为一系列图像文件或视频序列的帧（AVI 格式）。

“拍照”工具栏按钮的屏幕截图以及指示图像缓冲区中图像数量的状态栏窗格

更新权限时间模型...取消

随着Diamond版本5的发布，Crystal Impact起初打算切换到它已经在Match!相识别软件中使用的更新权限时间模型。对于Diamond版本5及更高版本，此更新权限模型已被取消。相比之下，主要更新（例如6.0，不是免费的）将在未来以传统方式提供：次要更新/补丁是免费的，但主要更新不是。版本5的更新以及次要增强和/或错误修正将持续到今年年底，届时将发布下一个主要更新（Diamond 6）。这计划于2026年进行。Diamond 5的更新对所有拥有Diamond 4许可证的客户都是免费的。

【英文介绍】

Diamond is our outstanding molecular and crystal structure visualization software. It integrates a multitude of functions, which overcome the work with crystal structure data - in research and education as well as for publications and presentations.

Diamond does not only draw nice pictures of molecular and crystal structures like most of its competitive programs do. It offers an extensive set of functions that let you easily model any arbitrary portion of a crystal structure from a basic set of structural parameters (cell, space group, atomic positions).

With its high data capacity, its wide range of functions beginning with the generation of molecules reaching up to the construction of rather complicated inorganic structural frameworks, Diamond is a comprehensive tool for both molecular and solid state chemists as well as for surface and material scientists.