TOPAS-Academic 教程 - PbSO4峰值拟合与索引
在这个教程中，我们将对PbSO4的实验室X射线数据进行索引，首先进行峰值拟合，然后使用这些峰值位置和强度进行索引运算。
PbSO4峰值拟合与索引
首先在jEdit中点击图标
，从浏览器中选择文件TA-Tutorials\data\rutile\d5_05005.raw。选择数据文件后，将在同一目录下创建一个名为 .inp 的topas运行输入文件。
现在我们使用TA来获取初始峰值位置进行峰值拟合。在TA中使用“文件/导入数据文件”菜单选项加载pbso4.raw文件。通过检查图案，可以看出拟合从15到61度2Th的x轴区域应足以进行索引。
在TA中使用“查看/搜索峰值”菜单选项插入峰值。检查插入的峰值，并添加/移除峰值，使它们的位置看起来合理。
展开TA树视图到“峰值阶段”，点击名为“位置”的列标题。右键点击黄色列并执行“复制全部/选择”。这会将峰值位置复制到剪贴板。TA屏幕应如下所示：
将峰值位置粘贴到jEdit中。
打开XInsert节点“TOPAS-Academic, INP格式/扫描文件级别”。点击“发射谱图”并插入CuKa5发射谱图。
打开XInsret节点“背景”并点击“Chubychev”。
打开XInsret节点“仪器”并点击“衍射仪半径”、“狭缝宽度”、“发散角”和“全轴模型”；输入适当的仪器值。
打开XInsret节点“杂项”并点击“起始_X”和“结束_X”，输入适当的值。
打开XInsret节点“阶段级别 - xo_Is”并点击“xo_Is”、“CS_L”、“CS_G”、“Strain_L”和“Strain_G”。
将峰值位置放在“load xo I { }”文本的大括号内。
jEdit屏幕现在应如下所示：
请注意，用户通常应该了解与接收狭缝宽度、轴向发散参数、发散、发射谱图等相关的仪器条件。
未包含零误差，因为峰值可以独立移动。由于不需要峰值强度，也没有包含洛伦兹偏振因子。
还请注意，使用xo_Is阶段来拟合峰值，并且jEdit列光标用于插入'@'列和'1'的强度。
此时，可能有用的是了解jEdit列复制/光标功能。如果已安装INP按键，则创建列光标：
按Ctrl-KeyPad_Plus；jEdit状态行应显示一个“R”，表示矩形模式开启。
按住Shift键并向下箭头，你应该看到一个列光标。
键入字符@，你应该看到一个'@'字符的列。键入另一个字符看看会发生什么。
要剪切列，请按Ctrl-KeyPad_Plus，按住Shift键并使用箭头键选择所需的矩形。按Shift-Del剪切列。移动到您希望粘贴列的位置并按Shift-Ins。
要关闭矩形模式，然后按Ctrl-KeyPad_Minus。请注意，在jEdit中列复制/粘贴成效较好，花一两分钟时间熟悉它是值得的。在XInsert节点“TOPAS-Academic, INP格式 / 帮助”下有“键盘基础知识”，值得一看。
点击图标
，它将当前INP文件的名称发送到主TA目录下名为LAUNCH_FILE.TXT的文本文件中。这只是指示TA槽作此INP文件。
Alt-Tab切换到TA并进行微调。峰值拟合应如下所示：
重要的是仔细查看拟合情况，并确保峰值在拟合过程中没有偏离其大致位置。显示的垂直峰值线有助于此过程。请注意，TA的演示版本不显示峰值线。
索引
现在我们将在索引运行中使用精炼的峰值位置。
将pbso4.inp文件另存为名为indexing.inp的文件。我们将修改此文件以执行索引。
删除INP文件中除了峰值位置和强度之外的所有内容。
打开名为“索引”的XInsert节点，沿树向下工作，使INP文件看起来如下所示：
点击图标 Alt-Tab切换到TA并进行微调。
索引运行产生一个与INP文件同名但扩展名为NDX的文件，并且位于INP文件的同一目录中。将此文件，INDEXING.NDX，加载到jEdit中。一部分应如下所示：
这里我们看到正确的晶格参数已被确定。请注意，PbSO4的空间群是Pbnm。FOM蕞高的解是Pna21。然而，就粉末数据而言，Pna21与Pbnm有相同的线；参见技术参考的第12.6表。因此，确定了正确的空间群分组。
indexing.ndx中包含的解决方案可以使用TA图形化地查看。
首先使用TA菜单选项“文件/导入INP文件”将indexing.inp加载到TA中。
从jEdit复制indexing.ndx文件的全部内容到剪贴板。Alt-Tab切换到TA。点击索引范围的解决方案选项卡并执行“粘贴INP到节点/选择”选项。点击其中一个索引解决方案，TA屏幕现在应如下所示：
请注意，对于319的真实解的倍数的体积观察到高FOM值。
还请注意，当使用GUI不理解的关键词时，将indexing.inp加载到TA中是不可能的。在这种情况下，可以使用TA的“全局”树视图项下找到的“创建索引范围”选项手动创建一个索引范围。创建索引范围后，可以将2Th/强度峰值从jEdit复制并粘贴到TA的“数据”选项卡中。可以使用TA菜单选项“窗口/新建扫描窗口”创建一个用于显示索引峰值位置的窗口。因此，索引解决方案的图形显示总是可以轻松显示的。
这完成了峰值拟合和索引。
