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Snap Gene | 分子生物学软件

SnapGene 是一款强大的多功能的分子生物学工具,能够非常直观的注释分析和DNA图谱,用于创建和共享丰富的注释文件,帮助用户准确清晰地为分子生物学绘制相关图形,生物相关专业的用户不要错过!


Snap Gene 4.3中的新功能:

4.3版增加了多个新功能,包括重叠群装配,更灵活的比对工具,支持切口内切核酸酶,以及支持点特征。


重叠群组件

线性或环状重叠群可以以重叠序列或Sanger序列迹线重新组装。



灵活的对齐

现在可以以各种方式导入要对齐的序列。可以提取多个对齐的一部分以生成新的多重对齐,或者可以编辑现有的多个对齐以添加或移除由不同算法生成的对齐。



Nicking Enzymes

可以显示Nicking核酸内切酶。当选择跨越从线性序列的末端到切口核酸内酶位点时,可以通过按Delete删除该单链区域。



点特征

现在,DNA序列支持零长度点功能,并在从GenBank,MaccVector或Gene Construction Kit导入文件时识别。



酶网站突出显示

常用的酶位点可以用黄金突出显示,以便快速识别。



协调一致性增强

多重比对的共识序列具有改进的格式,现在可以复制或导出。



用于与参考序列对齐的存储编辑

根据流行的需求,当通过调整比对序列的端点编辑与参考DNA序列的比对时,保留和恢复那些编辑。



从其他文件格式导入功能

可以将特征导入到BED,GFF3或GTF格式的DNA序列中。



从UniProt导入

可以从UniProt数据库导入蛋白质序列记录



进口基因组编译器项目

现在可以在Snap Gene中直接打开Genome Compiler项目文件(.gcproj)。对于施工项目文件,在“历史记录”视图中捕获施工历史。


引物添加日期

将引物添加到文件时,会记录日期。引物可按添加日期排序。



读取和写入对齐文件格式

Snap Gene可以导入比对以在SAM/BAM和参考序列矢量NTI®.cep格式,并且可以比对导出到SAM/BAM格式的参考序列。


新功能:

● 从重叠序列或Sanger序列迹线添加对重新重叠群装配的支持。

● 添加了一个选项,通过选择然后重新排序多序列比对的一部分来创建子比对。

● 在计算多个序列比对时保留对齐序列的自定义编号。

● 添加了使用不同算法添加对齐的选项,或者删除了多序列对齐窗口中的现有对齐。

● 为切口核酸内切酶提供支持

● 通过从DNA末端选择切口核酸内切酶位点并按下Delete,增加了从线性序列中去除单链区域的能力。

● 在从线性序列的末端选择到限制性位点后,启用限制性片段的删除。

● 添加了对点要素的支持,包括从其他文件格式导入点要素。

● 增加了突出一个或多个酶位点的能力。

● 添加了对从多序列比对中复制或导出部分或全部共有序列的支持。

● 改进多序列比对中的共有格式,以使用缺乏共识的浅灰色X或N'。

● 在计算多个序列比对时,启用复制和打开序列的导入,以及从NCBI和UniProt导入。

● 使用“对齐序列”按钮菜单启用重新计算参考DNA序列的比对。

● 配置与参考DNA序列对齐的序列的手动修剪既可以撤销也可以保存,并将修剪严格性设置为撤销并保存在每个文件的基础上。

● 确保对与参考DNA序列对齐的序列的小编辑导致比对被更新而不是从头开始重新计算。

● 将对齐视图转换为参考DNA序列,转换为下次打开文件时恢复的显示参数。

● 启用从BED,GFF3和GTF格式导入功能。

● 添加了一个专门的对话框,用于从UniProt导入蛋白质序列。

● 启用Snap Gene以跟踪引物添加到序列中的日期,并按引物视图中的添加日期对引物进行分类。

● 启用Snap Gene直接打开Vector NTI.cep conting程序集。

● 启用Snap Gene直接打开SAM/BAM重叠群组件。

● 启用Snap Gene以从SAM/BAM对齐格式导入和导出。

● 启用Snap Gene文件直接打开GCG(Genetics Computer Group)编码的DNA和蛋白质序列和档案。

● 导入SAM/BAM文件中的允许序列以与参考DNA序列比对。

● 启用GCG和PIR/NERF内容以粘贴到新DNA/蛋白质文件对话框中。

● 添加了Genome Compiler项目的导入程序和克隆项目文件。

● 启用导入开放序列文件以与参考DNA序列比对。

● 添加了通过按住Opt/Alt键将DNA选择复制为RNA的功能。

● 添加了New England Biolab的“λDNA-Mono Cut Mix”阶梯。


增强功能:

● 添加了使用Shift+Enter导航到以前的搜索结果的功能。

● 从集合中导出多个序列时增加了灵活性。

● 确保在保存集合时,如果所选集合名称已存在,则提供选项以选择备用名称,而不是仅在末尾附加数字。

● 增加了调整新输入和导入的DNA序列的默认起始密码子的能力。

● 大大加快了大型FASTA档案的开放。

● 当模拟琼脂糖凝胶时,能够将包含MW标记的所有泳道或泳道比标记为“MW”。

● 在“查找”栏菜单中添加了“转到...”。

● 进行了许多重要的优化(例如,打开,导入或与序列交互时)

● 进行各种文本,颜色,图标和视觉对齐增强。

● 计算多序列比对时改进的进度指标。

● 如果完整计算需要很长时间,则提供计算更快MUSCLE对齐的选项。

● 改进了多序列比对中的残基工具提示。

● 启用为集合指定的默认排序选项。

● 向各种控件添加了工具提示,以指示关联的键盘快捷键。

● 添加了将符号插入到对齐序列的名称中的功能。

● 导入序列以进行对齐时保留的自定义地图标签。

● 提供了从Addgene或Snap Gene集合,从而允许快速浏览和搜索已转换的存档。

● 通过使用https进行所有网络通信,提高了安全性。

● 确保使用首选格式显示本地化日期。

● 在“选择范围”对话框中添加了用于扩展选择的便捷控件。

● 批量转换文件时改进了工作流程。

● 确保隐藏顶部工具栏时,描述面板中仍可使用格式控件

● 切换到https安全网络协议,用于所有形式的网络通信。

● 为“显示对齐”添加了键盘快捷键。


修复:

● 在计算多序列比对时改进了GenPept文件的导入。

● 如果多个要素以循环顺序相互构成,则可以防止挂起和崩溃。

● 使用Retina显示屏上的小尺寸改进了“剪切”按钮图标的清晰度。

● 改进了ORFs的精确度和含有模糊氨基酸的翻译特征,以及蛋白质窗口中的属性视图和DNA窗口中的引物视图。

● 修复了在Gibson Assembly和In-Fusion Cloning对话框中翻转插入按钮的各种问题。

● 编辑集合的代码编号格式时提高了稳定性。

● 改进了Windows上XML格式内容(例如,DS Gene文件)的解码。

● 确保地图中小特征段的可见性。

● 修复了回归以允许将片段粘贴到“操作”>“限制”和“插入克隆”>“插入片段”的“插入”选项卡中。

● 增强了多序列比对共识显示的稳定性。

● 修复了Windows上“另存为”键盘快捷键的问题。

● 在对齐非常低质量的序列时提高稳定性。

● 确保Aan将显示在Simulate Agarose Gel对话框的列表中。

● 在序列视图中改进了要素段边框。

● 改进了Geneious文件的打开以支持带注释的排序数据。

● 确保在“操作”对话框中重命名引物时应用程序不会卡住。

● 在查看与参考DNA序列的比对时,防止对齐序列的“移动”控制被禁用。

● 修复了从NCBI导入一些入藏号的问题。

● 防止鼠标指示错误的显示在对齐序列的修剪部分之外。

● 使用多个序列比对时,改进了顶部工具栏的行为、

● 在Linux上的启用对话框“帮助”按钮菜单中添加了“首选项”。

● 从文件导入时,允许在引物列表开头的BOM。

● 防止输出部分结果的MUSCLE。

● 取消导出对话框后,防止错误的启用防止菜单命令。

● 禁用“设置为默认参数”按钮,它在“对齐多个DNA/蛋白质序列”对话框中无效。

● 在查看多个序列比对时,启用“视图"→“工具栏”下列出的顶部工具栏菜单命令。

● 使用“编辑DNA末端”和“添加/编辑入门”对话框时更正了标尺编号。

● 双击更容易在名称字段中选择单词。

● 配置新蛋白文件对话框以接受粘贴字符并将它们转换为X的。

● 修复了在克隆对话框中显示保存到本地文件的酶集的问题。

● 启用与参考DNA序列对齐的修剪手柄,直接单击并拖动,而无需先将焦点指定给界面元素。

● 改进了多序列比对对话框中的Tab响应。

● 防止macQS的注销被打开的Snap Gene文件阻止。

● 当显示模态对话框时,禁用各种命令,例如动作→PCR。

● 使用“说明”面板解决问题后,删除了收集窗口列表中显示的代码编号警告。

● 修复了Windows和Linux菜单中项目的不可见复选标记。

● 确保在切换顶部工具栏时隐藏“订单”按钮,并且可以看到富文本控件。

● 修复了“启动”窗口中的“工具”菜单,以隐藏Windows和Linux上不重要的项目。

● 当它们在序列视图中重叠特征时,改进了底部链解理三角形的绘制。

● 确保默认情况下在“首选项”的“DNA”选项卡中隐藏功能时,默认情况下它们在“浏览常用功能”对话框中仍然可见。

● 防止在“编辑代码编号格式”对话框中单击窗口小部件时发生崩溃。

● 在历史记录视图中启用未知酶的显示。

● 在工具提示可见时退出应用程序时的稳定性得到改善。

● 配置的序列视图自动滚动到选定的引物-引物片段。

● 确保在文档关闭后清除撤销和重做命令。

● 当DNA搜索或引物序列控制具有焦点时启用“粘贴反向补体”。

● 在查看集合中的杂项文件时,启用“导出所选文件”的正确操作。

● 如果在没有选择时调用Make Protein命令,则更正回归以显示错误消息。

● 提高了各种稳定性。

● 当选择不同类型的多种蛋白质特征时,改进了选择条显示。

● 确保在添加或删除所选集合中的酶后,文件未标记未保存。

● 修复了选择连续操作时在历史记录视图中显示历史颜色的问题。

● 改进了PCR产物历史颜色中非对齐引物碱基的突出显示。

● 确保历史视图正确显示酶切割祖先序列的次数。

● 当与参考DNA序列比对时,改进了用于对齐的FASTQ读数的标尺的呈现。

● 确保各种“导出”上下为您菜单操作不会导致对话框立即消失字macOS上。

● 导出凝胶图像时,从“选项”对话框中删除了不适当的水印选项。

● 将文件添加到集合后,可防止意外的撤销/重做行为。


特征

DNA可视化

查看DNA序列的多个视图

  • 地图:自定义,酶位点,特征,引物,ORF,DNA颜色等的显示。地图可以是圆形或线性格式


序列:使用双链模式查看酶位点,具有翻译,引物和DNA颜色的特征。单链模式显示具有彩色特征的紧凑概览



  • 酶:从一系列酶组中选择。剪切网站可以显示为数字或行,按名称或频率排序



  • 特征:按名称、位置、大小、颜色,方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间的切换。


  • 引物:按名称、位置、大小、颜色、方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间的切换。



  • 历史:查看DNA构建体的自动生成的图形历史记录。


大序列支持

  • 查看:利用SnapGene的高效数据处理功能,扫描具有数千个带注释功能的大型DNA序列

  • 搜索:使用专有的MICA算法即时在染色体内找到序列

  • 缩放:使用多功能控件调整缩放系数和显示区域


蛋白质可视化

  • 查看蛋白质序列的多个视图

  • 地图:自定义区域、站点、键和序列颜色的显示

  • 系列:使用具有相关特征的1或3个字母的氨基酸代码查看蛋白质序列

  • 属型:查看蛋白质的贩子质量,消光系数,等电点和氨基酸组成。可以对蛋白质的选定部分进行相同的分析

  • 特征:按名字、位置、大小、颜色或类型对带注释的功能列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间的切换

  • 历史:产看自动生成的蛋白质序列图形历史记录。祖先蛋白质或DNA序列可以作为单独的文件再生


直观的序列编辑

  • 轻松编辑DNA和蛋白质序列

  • 标准编辑:进行插入、删除、替换和大小更改。复制并粘贴序列时,会自动传输功能

  • DNA结束:编辑线性DNA序列的末端以添加或去除突出端或磷酸酯


序列颜色编码

  • 将选定的DNA或氨基酸序列设置为十种颜色之一

  • 给两条DNA链或蛋白质序列着色。颜色在Map和Sequence视图中都可见


特征注释

  • 自动特征检测:使用SnapGene广泛的数据库查找DNA序列中的常见特征,您选择的其他功能可以添加到自定义数据库中

  • 手动特征注释:选择DNA或蛋白质序列的一部分,并使用灵活的GenBank兼容空间注释特征


模拟

  • SnapGene提供优雅、信息丰富的窗口,用于模拟各种常见的克隆换个PCR方法

  • 限制性站点指标:确认限制性网站适合克隆

  • 独特性:以粗体显示独特的限制性位点或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组

  • 甲基化敏感性:限制性位点被Dam , Dcm或EcoKI甲基化阻断。SnapGene将自动用星号标记该站点

  • 特殊性质:利用工具提示来避免有问题的限制网站


模拟标准PCR:使用您自己的引物或要求SnapGene自动射击引物。产品文件在其历史记录中存储模板和引物

重叠延伸PCR:通过重叠延伸PCR融合片段,至多可组装八个片段,选择要连接的片段及其方向,SnapGene将设计引物。


系统操作要求:

Windows 7及以上

macOS 10.10

Ubuntu Linux 14.04及以上

Fedora Linux 21 及以上

内存 1GB及以上

硬盘250MB及以上

分辨率1024 x768及以上

Peakfit | 光谱分析拟合软件
Canoco 5.1 | 生态排序分析软件

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