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Snap Gene | 分子生物学软件

SnapGene 是一款强大的多功能的分子生物学工具,能够非常直观的注释分析和DNA图谱,用于创建和共享丰富的注释文件,帮助用户准确清晰地为分子生物学绘制相关图形,生物相关专业的用户不要错过!


注意:Snap Gene 4.2版本需要macOS 10.10或更高版本。

Snap Gene 4.2中的新功能:

  • 为DNA和蛋白质序列添加了多个对比工具

  • 实现了macOS的选项卡式窗口支持

  • 已启用将CSV格式的数据库导入集合

  • 启用在六个阅读框中的任何一个序列视图中显示

  • 为LabArchives ELN添加了文件交换工具

  • 允许的序列跟踪导出为FASTA和纯文本格式

  • 添加了Biotium MW标记物

  • 添加了“φ29 - HindIII”MW标记

  • 添加了“λDNA - EcoT14I”MW标记

  • 添加了Enzynomics 从Thermo Fisher (Invitrogen)恢复原始的“1 Kb Plus DNA Ladder”。

  • 通过添加对接受EULA的支持以及通过命令行界面注册的取消注册来促进无人参与安装


增强功能

  • 改进了“地图”视图中要素的放置,以便某些类型的相关要素位于同一行中

  • 使地图视图中的选择行为更加一致和可预测,尤其是在圆形地图中

  • 插入或组装时允许的碎片数量增加到10个

  • 在相关上下文菜单中添加了“设置翻译编号...”命令

  • 在序列视图中将鼠标悬停在DNA碱基上时,增强了鼠标指示器选择内的偏移

  • 改进了圆形贴图中的拖动选择行为

  • 改进了“查找”工具,以显示与序列当前显示部分最接近的匹配,而不是整个序列中的第一个匹配

  • 进行了广泛的加速和其他优化

  • 是NCBI导入器能够接受UniProt入藏号

  • 将域文件相关的选项移动到“首选项”对话框中的单独选项卡,并添加了用于处理文件的新选项

  • 添加了隐藏Order按钮的选项,并添加了“How Ordering Works”命令

  • 添加了“关于Tm值的注释”命令,该命令解释了如何计算Tm值

  • 增强了“格式提示”窗口,以解释从NCBI导入时COMPLEMENT运算的使用

  • 通过将鼠标置于直观预期的位置,改进了将密码子和其他内容插入引物序列

  • 改进了使用“选择新文件”时显示的默认视图选项卡

  • 迁移“添加自定义密码子使用表”到专用按钮以提高可发现性

  • 在翻译的功能上下文菜单中添加了“选择替代密码子...”

  • 增强了顶部工具栏中的菜单以提供与集合相关的命令,并将“打开文件”添加到“打开”菜单

  • 简化了首选项中的控件,用于指定默认情况下是否应显示字母或三字母代码,方法是提供镜像DNA和蛋白质序列的变化

  • 在Windows上的启动对话框中添加了“首选项”链接

  • 更新了限制酶和通用功能数据库

  • 更新了用于网关克隆和TA和GC克隆的嵌入式矢量集

  • 制作各种颜色,文本,视觉对齐和渲染增强功能


修复

  • 确保“查找蛋白质序列”将返回与跨多个特征翻译匹配

  • 改进了序列视图中行末端多所选氨基酸的显示

  • 修复了在数字原点或附近查看引物结合位点时显示特征翻译的问题

  • 在没有X服务器的情况下在Linux上启用命令行界面

  • 通过VNC在Linux上使用SnapGene时提高了稳定性

  • 修复了突出显示匹配并显示序列跟踪中的选择的问题

  • 确保“DNA计算”窗口始终显示有关活动选择的信息

  • 使用多个屏幕时,在Windows的“序列”视图中确保一致的字母间距

  • 在Windows上重命名集合中的文件时,保留文件夹层次结构中的文件位置

  • 使用“选择新文件”时保留蛋白质序列的原始编号

  • 修复了将文件保存到正确的集合文件夹中的问题

  • 修复了在Linux上通过Gnome虚拟文件系统(GVFS)协议使用存储在SMB网格共享上的文件的问题

  • 更正了在macOS上重命名集合中的文件夹时的稳定性问题

  • 修复了嵌入和复活祖先蛋白质序列,以及与撤销蛋白质的序列修饰的问题

  • 确保保存到集合的文件始终显示在“文件夹”和“列表”视图中

  • 加快Windows上自定义常用功能的添加,删除和编辑

  • 改进了macOS Hige Sierra上统一的工具栏外观

  • 提供实时反馈,以便自定义顶部工具栏立即更新所有工具栏以显示新选项

  • 确保右键单击不会修改“限制酶”和“模拟琼脂糖凝胶”对话框中列表中的选择

  • 增强的历史记录视图,以便在显示限制为一个级别时,显示上次记录的操作的历史颜色

  • 改进了参与序列不完全匹配的对齐序列中的特征显示

  • 改进了FASTA文件中注释行的解码

  • 改进了功能的渲染

  • 改进了列表中的选择行为

  • 修复了使用“编辑特征”命令时自动选择多分段特征中的第二个分段的问题

  • 改进了非UTF-8编码的GenBank文件的解码,这些文件包含希腊符号和正常字母表之外的其他字符

  • 确保文件对话框在macOS上保持适当

  • 禁用“模拟琼脂糖凝胶”对话框中的“导出DNA”命令以及其无功能的其他对话框

  • 当空间有限且引物具有多个结合位点时,改进了引物描述的显示

  • 改进了重叠选择的渲染和徐磊视图中的黄色“查找”突出显示

  • 提高了在某些GenBank文件中检测拓扑的可靠性

  • 添加了逻辑以保留GenBank文件的创建日期

  • 简化了Anneal Oligos对话框中的寡核苷酸名称空件

  • 向Linux .deb软件包添加了许可信息

  • 修复了包含在Linux .rpm包中名称中带单引号的质粒问题

  • 改进了从RTF编码或压缩的FASTA格式列表导入引物

  • 蛋白质序列中配置的工具提示在短暂延时后持续存在而不是消失

  • 确保克隆对话框中的源菜单将列出集合中的活动模板文件,即使集合已关闭

  • 修复了源菜单可能并不总是选择近期浏览过的具有很长名称的文件的错误

  • 确保在查看序列跟踪使单击Escape始终隐藏“查找”控件

  • 确保如果剪贴板含有有效的蛋白质序列但缺少A、C、G和T、蛋白质窗口仍然允许粘贴

  • 如果在下载内容的末端没有包含中值符号(//),则禁止挂起“导入NCBI序列”命令

  • 确保对包含U的查询的精确搜索将在DNA序列的底部链上产生正确的匹配

  • 确保“撤销”将还原“描述”面板中显示的修改日期

  • 修复了从VectorBuilder订购已编辑但未保存的DNA序列的问题

  • 更正了界面中的链接以打开“首选项”中的相关选项卡

  • 修复了清除“序列作者”后,在“描述”面板中修改另一个字段时意外返回的前一个值的问题

  • 改进了用于显示,更新和复制位于特征末端的切割箭头的算法

  • 改进了序列视图中特征密码子选择的显示

  • 修复了包含所选文件的打开集合的“窗口”菜单中的列表

  • 提高了macOS级联菜单中命令键盘快捷键的可靠性

  • 当没有选择是,在“编辑→选择范围”中自动选择“从”值

  • 改进了UniProt序列的转换

  • 从占位符文字切换到集合中的非空序列时,防止应用程序挂起

  • 当没有查看到序列时,禁用“查看→编辑地图标签”

  • 改进了文件的批量转换

  • 改进了文件的批量转换

  • 改进了Linux上CPU和相关信息的识别

  • 导出选择时增加稳定性

  • 修复了打开压缩序列跟踪文件时的稳定性问题

  • 修复了使用ZTR1、ZTR2和ZTR3文件格式序列跟踪的问题


特征

DNA可视化

查看DNA序列的多个视图

  • 地图:自定义,酶位点,特征,引物,ORF,DNA颜色等的显示。地图可以是圆形或线性格式


序列:使用双链模式查看酶位点,具有翻译,引物和DNA颜色的特征。单链模式显示具有彩色特征的紧凑概览



  • 酶:从一系列酶组中选择。剪切网站可以显示为数字或行,按名称或频率排序



  • 特征:按名称、位置、大小、颜色,方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间的切换。


  • 引物:按名称、位置、大小、颜色、方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间的切换。



  • 历史:查看DNA构建体的自动生成的图形历史记录。


大序列支持

  • 查看:利用SnapGene的高效数据处理功能,扫描具有数千个带注释功能的大型DNA序列

  • 搜索:使用专有的MICA算法即时在染色体内找到序列

  • 缩放:使用多功能控件调整缩放系数和显示区域


蛋白质可视化

  • 查看蛋白质序列的多个视图

  • 地图:自定义区域、站点、键和序列颜色的显示

  • 系列:使用具有相关特征的1或3个字母的氨基酸代码查看蛋白质序列

  • 属型:查看蛋白质的贩子质量,消光系数,等电点和氨基酸组成。可以对蛋白质的选定部分进行相同的分析

  • 特征:按名字、位置、大小、颜色或类型对带注释的功能列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间的切换

  • 历史:产看自动生成的蛋白质序列图形历史记录。祖先蛋白质或DNA序列可以作为单独的文件再生


直观的序列编辑

  • 轻松编辑DNA和蛋白质序列

  • 标准编辑:进行插入、删除、替换和大小更改。复制并粘贴序列时,会自动传输功能

  • DNA结束:编辑线性DNA序列的末端以添加或去除突出端或磷酸酯


序列颜色编码

  • 将选定的DNA或氨基酸序列设置为十种颜色之一

  • 给两条DNA链或蛋白质序列着色。颜色在Map和Sequence视图中都可见


特征注释

  • 自动特征检测:使用SnapGene广泛的数据库查找DNA序列中的常见特征,您选择的其他功能可以添加到自定义数据库中

  • 手动特征注释:选择DNA或蛋白质序列的一部分,并使用灵活的GenBank兼容空间注释特征


模拟

  • SnapGene提供优雅、信息丰富的窗口,用于模拟各种常见的克隆换个PCR方法

  • 限制性站点指标:确认限制性网站适合克隆

  • 独特性:以粗体显示独特的限制性位点或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组

  • 甲基化敏感性:限制性位点被Dam , Dcm或EcoKI甲基化阻断。SnapGene将自动用星号标记该站点

  • 特殊性质:利用工具提示来避免有问题的限制网站


模拟标准PCR:使用您自己的引物或要求SnapGene自动射击引物。产品文件在其历史记录中存储模板和引物

重叠延伸PCR:通过重叠延伸PCR融合片段,最多可组装八个片段,选择要连接的片段及其方向,SnapGene将设计引物。


系统操作要求:

Windows 7及以上

macOS 10.10

Ubuntu Linux 14.04及以上

Fedora Linux 21 及以上

内存 1GB及以上

硬盘250MB及以上

分辨率1024 x768及以上

Peakfit | 光谱分析拟合软件
Canoco 5.1 | 生态排序分析软件

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