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DYMEX 丨 从没有年龄结构或使用环境输入的简单模型

DYMEX 是一种模块化建模软件包,允许户开发和运行生物有机体的确定性种群模型,这些模型有助于总结我们对有机体种群动态的理解,识别知识差距,并评估管理方案。用于DYMEX组件的图形化,图表驱动的布局和 描述性语言都是为了生物学家的易用性而设计的。


DYMEX模型的复杂程度可以从没有年龄结构或使用环境输入的模型到具有复杂环境驱动因素的多物种模型。随着用户对系统的理解的增长,可以通过修改或添加组来增强模型。可以随时调整参数值,而返回到Builder。

DYMEX 3.0中的新功能

生成器:

  • 从版本1开始,Builder得到了相当大的增强。对于熟悉版本1的用户,以下列表详细说明了主要差异。

  • 新模块可用如下:可调节的昼夜节律,气候变化情景,日杜,差异,方程,计数器,MetManager,离散查询用户,累加器(运行平均值),存储,开关和天气。

  • 模块及其输出变量可以具有与之关联的描述

  • 所述时间模块现在可以具有触发和动作,可编程关断状态,以及多个独立的动作因素之间用户定义的延迟

  • 生命周期模块被显著提高,从而允许生命周期,嵌套级,移民过程,“退出”的过程生命阶段输出分支。默认情况下,时间顺序年龄现在以天为单位(而不是时间步长)。如果您使用Builder的版本1构建具有每周时间步长的模型,并且它按时间顺序排列的年龄过程,那么为了在构建器的版本2中运行它,您将需要按时间顺序更新的方式。生命周期属性对话框为“时间步”,或相应地修改按时间顺序排列的年龄进程。Lifestage密度的计算方式不同。

  • 摘要变量现在在Builder中设置,可以适用与正常变量类似的模块进行操作。

  • 模型可以拆分为多个文件,主模型描述文件辅助文件。这允许将注入多种模型的复杂模型初次构建为单独的模型,然后在组合。

  • 模块的参数可以放在单独的命名参数文件中。

  • 模型中使用的变量可以与变量的源模块以及使用它们的模块一起显示在“变量”窗口中。

  • 模块中的参数都可以由函数或进程替换。流程现在可以具有相关描述。


模拟器

  • 模拟器经过广泛的重新设计,与版本1有细微差别。以下列表显示了主要差异:

  • 模拟器使用的范例发生了很大变化。在版本1 中,用户打开了Model(GMD)文件。在版本2中,用户打开或创建新的Simulation文件。模拟文件与DYMEX版本1中使用的初始化文件基本相图,并存储运行的设置。使用这种新范例,随时保存模拟设置是一件的事。

  • “模拟组建”窗口已经过重新设计,具有新功能,模块更详细地指出了他们的设置。用户可以隐藏要初始化的模块,从而简化模型的外观。现在可以通过此窗口更方便的访问参数和有关参数集的信息。序列可以更方便地设置。

  • 该参数初始化窗口已得到增强,与他们的层次结构中的参数的树视图。可以命名,描述模块(参数集)的参数值集合并将其保存到单独的参数文件中。

  • 新模块可用如下:可调节的昼夜节律,气候变化情景,计数器,白天,延迟时间,MetManager,离散查询用户,运动平均值,存储,开关和天气。

  • 生命周期模块已被显著提高,从而允许生命周期的支化,嵌套级,移民过程,并有更多的生命阶段的输出类型。

  • 图形输出已经彻底重新设计,图表更具有交互性,更易于设置,并且在选项选择方面更,已删除图表中面板数量和系列数量的限制、

  • 使用在地理区域内产生结果的序列,为多次运行添加了生成地图的功能。

  • 表输出更,允许“动态”修改表格式。可以对来自多个运行的表进行排序。

  • 添加了嵌套序列和现有序列类型的增强功能。

  • 结果个别运行运行(详细的表格和图表)内可以从多个运行输出表来获得。


DYMEX应用

  • 人口生态学:人口模型可以很地创建,从而可以分析人口的动态。

  • IPM的:DYMEX具有在为模型添加管理选项的模块。由此产生的模型可以自动搜索较好策略,例如化学, 生物杀虫剂,宿主抗性。

  • 杂草生态与管理:可以建立植物群模型并用于探索理论和管理问题。

  • 建模研讨会:DYMEX提供了一种沟通方式,因此有助于协作参与研究和应用。模型可以在研讨会期间建造和操作,具有很大优势。

  • 高等教育:DYMEX允许生物学生和研究人员将他们的精力集中在科学问题上,使他们学习计算机编程。

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