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Geneious Prime:将元数据从电子表格导入现有文档

将元数据从电子表格导入现有文档


在Geneious Prime 2020.1以后的版本中,您可以通过从.csv或.tsv文件导入元数据来向Geneious文档添加元数据。您的元数据文件需要有一个字段与要导入数据的文档相同,例如名称或序列ID字段,这样Geneious才能将数据与正确的文档相匹配。


在导入文件之前,您计划从电子表格中添加的元数据字段需要在Geneious中设置。要检查存在哪些字段并添加新字段,请选择任何文档并转到“信息”选项卡。单击编辑元数据类型以查看Geneious中当前可用的字段列表。


一旦设置了适当的元数据字段,就可以继续导入数据。


为此,请先选择包含要添加元数据的文档的文件夹。然后转到File-Import-From File,选择CSV/TSV作为格式,然后选择您的元数据文件。或者,直接将元数据文件拖放到Geneious中。


在“导入文档”窗口中,单击“元数据”作为要导入的文档类型。


将原始文档字段与电子表格匹配。


在匹配文档下,在第一个下拉菜单中选择用于匹配电子表格的原始文档字段。在第一个下拉菜单中,选择包含匹配数据的电子表格列。


例如,如果您的电子表格中有一个“示例ID”列,该列对应Geneious中相应的文档名称,则应选择将文档[Name]与电子表格列[Same ID]相匹配(参见图3.2)。


图3.2:将geneious中的文档与电子表格中的Sample ID列相匹配。


注意:


1. 要成功匹配,值必须(a)在文档和电子表格中相同,包括匹配的大小写(电子表格数据上的前导和尾随空白将被修剪)和(b)文档和电子表格之间只有一个匹配项。


2. 某些遗传文档字段不能用于匹配,例如日期、百分比和真或假值。这些将从下拉菜单中排除。此外,只有当前文件夹中文档上的字段才可在此处选择。


3. 用于匹配的电子表格列可以根据列号(从左到右计数)或通过可选的列标题行进行选择。


预览窗口

预览窗口中的电子表格选项卡显示电子表格文件中的数据。“结果预览”选项卡显示原始文档和电子表格中的匹配字段,并显示将添加的元数据(在填充元数据之前,需要设置元数据映射)。


颜色用于突出显示有关导入的信息(参见图3.3)。将鼠标悬停在彩色值上以获取有关通知或错误的详细信息。


蓝色:电子表格行与选定文件夹中的任何文档都不匹配。检查是否选择了正确的Geneious字段和电子表格列进行匹配,并确保Geneious字段和电子表格单元格中相应的匹配值相同。请注意,匹配值区分大小写。


带星号的黄色:Geneious中的元数据字段已包含数据,导入时将覆盖这些数据。预览显示将从电子表格导入的新值。要查看旧值,请将鼠标悬停在单元格上。一旦元数据被导入,它就无法撤销,任何被覆盖的数据都将丢失。


带有警告图标的红色:有一个错误将阻止导入继续。出现错误的情况是:


所选文件夹中的多个原始文档基于选定的匹配列匹配电子表格中的一行。电子表格中的每一行都应该与Geneious中的一个且只能匹配一个文档。


多个电子表格行在用于匹配的列中包含相同的值。


Geneious中的某些字段可能有值限制,例如需要一个介于1和10之间的数字、一个正值或假值,或一个日期来命名一些字段。如果电子表格数据不符合这些约束,则会发生错误。可以通过任何文档的“信息”选项卡中的“编辑元数据类型”查看或编辑元数据约束。


在开始导入操作之前,必须解决全部错误。


预览表下面的复选框允许您筛选要显示的行。这些过滤器不影响导入操作。一旦没有错误,geneious将对全部匹配的行应用元数据更改。


图3.3:预览窗口显示一个电子表格行,该行没有蓝色的匹配文档,红色的重复行。


元数据映射

通过将电子表格列分配给原始文档上的元数据字段,指定应导入电子表格中的哪些列。


在元数据下拉菜单中,选择要添加电子表格数据的原始元数据字段。数据库中当前可用的全部元数据类型都应该显示在这里,包括您自己添加的那些类型。如果要添加新类型,可以在“信息”-“编辑元数据类型”下的任何文档上执行此操作。标准字段类型包括通用字段,如名称、描述、加入、有机体、分类学和注释。单击+按钮可从多个元数据类型添加字段。然后单击“字段”按钮指定电子表格中的哪些列应映射到Geneious中的哪些字段。


例如,在下面的屏幕截图中,采样位置、采样日期和冷藏室位置的电子表格列已添加到“采样信息”元数据类型下,而“有机体”列已添加到“标准字段”类型下。



图3.4:将电子表格列映射到元数据字段


当电子表格列映射到元数据字段时,结果预览表将自动更新。


对导入的外观满意后,单击“确定”加载元数据。现在您应该可以在document表中看到元数据(您可能需要滚动到表的右侧以查看新列)。




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2020-08-21

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