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Spartan 分子建模软件包18版本已正式发布

本文由睿驰科技翻译整理


Spartan 18中新增功能如下:


 新的GUI相关功能:


· 增强2D草图和3D构建器之间的协作,从3D到2D(至多250个原子)的转换功能,过渡箭头的识别

· 通过各种数据的切换开关增强OUTPUT摘要和查看选择

· 引入构象分析和NMR分析的配方:可以使用多个计算引擎设置多步计算

· 将2D,3D图表粘贴到光谱平移和绘图平移

· Molecular Utility的原子重定位功能


计算的新扩展:

· 并行处理超过16个线程:(大约64个线程和大约40倍的单核)*仅限Gt16版本

· Hartree-Fock和DFT的IR计算的并行处理

· 添加七个或更多成员的环构象分析规则

· 引入可由用户更改的多级构象分析配方

· 介绍柔性分子的NMR分析方法:化学位移值加权和存在概率平均

· DP4

· 基本系列PCJ-0,PCJ-1,PCJ-2,用于耦合常数计算


使用Spartan 18可计算出的属性:

 

-原子电荷:由于静电势分布的适应性,Mulliken的充电,NBO的充电,充电   

-热力学常数:根据分子结构和振动计算计算熵,熵,自由能,同位素效应。   

-静电特性:偶极矩,四极矩,多极矩,极化率,超极化率(仅半经验)(包括α,β和γ项)。   

-酸度/碱度:计算酸度,常见羧酸和胺的碱度   

-附加属性:分子量,表面积,体积,对称,HOMO,LUMO能级,PSA,极地区域,的LogP,圆度,Q型减,Q-另外,电负性,硬度   

-红外光谱:输出IR(分子振动)计算结果作为红外光谱图,读取实验值,重写,拟合函数到实验值。动画显示振动模式   

-溶剂效果:C-PCM,SS(V)PE,SM 3,SM 6,SM 5.4,SM 5.0 R,SM 8,SM 12

-NMR计算:Hartree-Fock法和DFT模型的化学位移校正和配方介绍   

-紫外/可见光谱:CIS / CIS(D)或TDDFT



Spartan 18 配备的计算方法: 

   

-分子力场:在获得大分子结构或高度柔性分子的构象分析的情况下,分子力场可以说是特有现实的方法。

force field参数实现两种类型的SYBYL力场和MMFF 94力场,SYBYL扩展为完整周期表中的元素。MMFF 94参数化以再现有机分子和生物聚合物的结构和构象。

   

-半经验分子轨道:半经验分子轨道计算是非常简单的量子化学方法,可用于确定平衡和过渡态的结构或能量。特别是在PM3中,过渡金属元素等被扩展,并且它可以应用于诸如包括这种原子种类的无机或有机金属配合物的模型。Spartan '06 for Windows支持三种AM1,PM3,MNDO和MNDO / d,具有d轨道扩展作为典型元素的一部分。PM3几乎可以处理所有过渡元素。

它支持AM1,PM3,MNDO,RM1,PM6五种方法。


方法(并行处理可用于蓝色字母的 Parallel Suite,并行处理适用于GT 16) 

-Hartree-Fock 分子轨道:Hartree-Fock分子轨道计算可用于计算分子结构,能量和其他各种性质,对计算有机分子特别有效。它支持标准的基础功能,例如以下:STO-3G,3-21G,6-31G *,6-311G *,CC-pVDZ,CC-pVTZ和CC-pVQZ,(d),( d,p),(2d)的 ,(2D,2P),(2DF,2DP),(3D,3P),(3DF,3DP) 每分机,或单独的p轨道和d轨道指定的可能的延伸赝势也可用于含有重元素的系统中。Spartan还可以导入和添加基本功能,或者您可以使用用户定义的基本功能。还引入了双基础集。基于扰动理论的多个基函数的组合提高了计算精度和速度。



Spartan 18 任务的种类:

  

-能源:计算总能量(Hartree-Fock,DFT方法,Molller-Preset,高阶电子相关),生成热(半经验方法)和失真能量(分子力场)。   

-均衡结构:执行结构优化以获得局部极小值   

-迁移状态结构:寻求转变结构,作为该选项可以进行固有反应坐标分析   

-IR谱:使用MP3,MP4和除高阶电子相关性之外的所有其他方法可以进行振动计算   

-核磁共振谱:通过Hartree-Fock和DFT方法计算化学位移COZY NOESY图创建可能性HH耦合常数   

-拉曼光谱:Hartree-Fock和DFT   

-紫外/可见光谱:Hartree-Fock / CIS和DFT / TDDFT   

-构象分析:创建可能稳定的星座列表,并单独保存极稳定的结构。添加了生成库以覆盖具有极小构象异构体的构象空间的功能。(用于分子的相似性分析)   

-能源概况:指定特定的内部坐标系并计算能量以创建配置文件。它有助于沿反应坐标系搜索过渡结构和由于构象导致的能垒。也可以对多个参数进行网格扫描。   

-分子相似性分析:通过分子评分分析分子或药效团之间的相似性。在分子的情况下,您可以选择通过分子结构评分或通过CFD评分。


Spartan  18的其他功能:

 

-核磁共振配方:我们实施了高效NMR分析的配方。在通过分子力场进行构象分析后,我们使用多个计算引擎,如HF和DFT,然后我们通过存在概率计算化学位移的加权平均值。 

-列表处理:在Spartan中,电子表格可用于列出多个分子并自动按顺序处理。操作方法与设置单个分子文件的方法相同。斯巴达可以使用多达100个分子列表。(它不对应于数千个文件的列表)   

-NOE:NOE数据可用作构象分析的后处理。   

-IR,UV / Vis网络访问:通过互联网访问NIST的公共数据库,您可以获得大约14,000个红外光谱和大约1,500个紫外/可见光谱   

-NMR化学位移的Web访问:您可以通过互联网访问科隆大学的公共数据库,并获得大约15,000个关于核磁共振谱的信息。   

-切出停靠站点:我们将从含有配体的生物聚合物的PDB文件中切出配体及其环境。可以选择分子结构,部分结构,CFD。   

-约束(冻结)条件:进行结构优化和构象分析时,你可以给冻结的约束和原子坐标恒内部坐标系统相同。   

-数据库转换用户数据:Spartan分子数据库(SMD)和Spartan光谱和属性数据库(SSPD)是可扩展的。用户可以以.spentry格式(Spartan Dtabase格式)保存Spartan的专有数据,构建自定义数据库并扩展计算机模型,以扩展Spartan中可用的分子类型。




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