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Sequencher | DNA 序列分析软件

Sequencher 是 DNA 序列分析的工业标准软件。它可以和所有的自动序列分析仪一同工作,并且因为它的极速 Contig 组装、很短的学习曲线、用户友好的编辑工具,以及卓越的技术支持而众所周知。从差不多15年前释出第一个版本到现在,Sequencher 在每个基因专业和制药公司中都应用于序列分析任务,同时在全球超过40个国家里为数众多的学术和政府实验室中使用。Sequencher 被生命科学研究者们使用于许多不同的 DNA 序列分析应用方面,包括基因重组、突变检测、法医的人体辨别,以及分类学等等...

Sequencher 的能力包括杂合子和 SNP 的检测和分析,从DNA 到 染色体 DNA 的大型间隙对准,比较排序,对置信评分的支持、ORF 转换、基因银行特性化导入、以及限制酶映射等等。Sequencher新版本为5.4.6。

所有DNA序列分析的新功能和增强功能:

Sanger:

  • 从Primer-BLAST发送引物对序列,在Sequencher Connections中运行到Sequencher项目

  • 轻松使用项目窗口中的共有序列作为混合测序项目的NGS对比的参考序列

  • New Batch Revert Trim Ends命令

  • 能够在项目窗口中调整字体大小


NGS:

  • 更快的GSNAP 和 BWA-MEM工作流程

  • 构建可重复用于与全基因组对比的GSNAP数据库和BWA索引

  • 使用FastQC报告查看和保存NGS原始数据文件的质量得分和元数据

  • 生成变体调用文件(VCF)以使用SAMtools标记NGS对齐中的变体


RNA-Seq:

  • 扩展袖和套装,加入Cuffquant和Cuffnorm

  • Cuffdiff和Cuffnorm的独特条件和重复编辑器

  • 增强的RNA-Seq可视化,具有自定义排序和过滤选项

  • 使用增强的外部数据浏览器轻松管理所有DNA-Seq和RNA-Seq项目


Sequencher 产品特性:

  • SNP 检测 (SNP Detection)

  • 序列装配 (Sequence Assembly)     

  • 序列编辑 (Sequence Editing)

  • 自动分析 (Automated Analysis)

  • 矢量微调 (Vector Trimming)

SNP 检测

使用 Sequencher 来进行比较对准以便鉴别和报告 SNP 以及突变。

例如,调用第二峰,功能分析你的所有序列以寻找潜在的杂合子。你可以控制定义一个杂合子的严格度。

 

在装配总揽中表示出所有杂合子的位置

 

你可以从一个杂合子跳到下一个,而仅仅需要在 Base View 里面按一下空格键。你还可以观察一致及其参考序列的转换。
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一致及其参考序列的区别会列在一个可导出的表格内。参考序列确保从一个装配到下一个装配时,SNP 的数目保持一致。

 

 

序列装配

Sequencher 的装配算法可以将你的 DNA 片断快速而又准确的装配起来。自觉的工具允许你在数秒内就可以设置好参数并且调整它们。

 

你完全可以不顾方向的装配序列。Sequencher 会比较前端和反转补体方向来装配极可能的 Contig。

将 Sequencher 的多功能装配工具应用到:

确定矢量构造

装配病毒和细菌基因组

从 DNA 库中聚类数以万计的序列

将基因变体和一个参考序列做对比

创建一个引物地图

将 DNA 装配成基因组序列

以及其他许多项目...

 

序列编辑

Sequencher 能够给你足够的信心认为一个序列是绝对正确的。你可以只观察一个序列的色谱图,你也可以从前端或反方向同时查看多个对齐的色谱图。 在你的已对齐数据中滚动是很容易的。你可以使用 Sequencher 的选择工具来高亮不一致或者低质量的区域。

 

自动分析

Sequencher 可对你的数据进行批处理,这个过程是透明、用户可定义、可恢复的,并且 Sequencher 从不为了自动化的目的而破坏你科学结论的正确性。
当你工作在多个序列时,Sequencher 可以:

  • 调用第二峰

  • 调整矢量

  • 调整低质量的尾端

  • 创建一致序列

  • 恢复到实验数据

Sequencher 总是管理两份数据,一份编辑过的,一份则是原始的导入数据。当你应用“Revert to Experimental Data”命令到在你项目中已选定的序列或者在一序列中的选中部分时,你可以撤销所有或者部分编辑动作。


自从 4.5 以后,Sequencher 就包含了一个新的自动化工具,“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”,你可以选择片段名的一部分作为一个共享的标识符,或者说是“装配句柄”。Sequencher 就可以将选择和名字自动转换为 Contig。例如,仅仅通过一个按钮的点击,你就可以将 90 个文件,45对前端和反向序列转换成 45 个根据你的病人编号命名的 Contig。装配参数的每个变化都会重组你的片段,因此你可以根据克隆编号、日期、引物,或者其他任何你记录在序列名称中的特征,来装配 Contig。

 

如果你做了许多排序,你会感激“Assemble by Name”,尤其是在你有许多个带有一个标准引物集的样本序列时。事实上,任何在序列名中具有可用信息人的人,都有可能使用“Assemble by Name”。一些应用包括:

用于身份鉴定和人口研究的 MHC 和线粒体基因排序。

候选基因的 PCR 产品的分析。

对保存的跨系统分类物种基因的排序。

通过跟踪病毒对抗病毒剂或疫苗的抗药性,对病毒序列进行监控。

 

即使在项目中只有一个 Contig,“Assemble by Name”仍然是有用的,因为它确保 Contig 的名称可以精确的表述样本的名称。如果你有命名为“Bob”的样本,那么正确命名你的 Contig 并不是什么难事,但你有象“Bob-2309888762-4321”这样更复杂的名字时,允许 Sequencher 命名你的 Contig 是非常有用的。

 

矢量调整

 

自动排序器以基础调用错误生成结果。从 DNA 库克隆的序列通常包括矢量序列、polyA 尾,或其他不相关序列。内含子和引物序列通常会和放大的外显子序列侧面相连。不调整的话,这些污染物会扭曲你的装配和下游分析。 Sequencher 允许你调整低质量或者含糊的数据。“Trim Ends”将令人误解的数据从序列片段的尾部去除。“Trim Vector”将污染序列尾部的特定序列数据移除。“Trim to Reference”剔除超出装配参考序列的序列尾部。

 

在执行一个调整之前,Sequencher 会显示一个计划调整的图形描述,这个功能甚至允许你重新定义你的条件。



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